Support for post annotation label reassignement.

docs/final_output.md

@@ -256,3 +256,33 @@ ones. Weighting and the final overall mark belong to the separate grading flow.
 - [ODS export](../copienator/commands/update_ods.py)
 - [Final-mark stamping](../copienator/commands/add_final_score.py)
 - [Cleanup retention](../copienator/commands/clean.py)
+
+
+## Manual modifications after annotation reading
+
+`modify-annotations EVALUATION --annotation-dir BGnot` (or `Bnot`) applies
+`annotation_modifications.txt`. The GUI exposes it between annotation reading
+and return preparation. Its `### Source: BGnot`/`Bnot` line must match the mode.
+Instruction operators follow manual resolution syntax but act on reviewed raster
+**bodies**, excluding headers and all supplementary pages. Headers and scores stay
+with their labels. Missing target bodies are allowed; their new header identifies
+the target and its existing score, without inventing feedback or a score.
+
+Both readers record `annotation_baseline.json` and lossless hidden
+`.annotation-base-*.png` images in each copy's annotation directory. The JSON
+stores the exact header height, baseline answer metadata, and filtered membership.
+Older outputs require one full annotation read before body editing. Legacy
+selective redo still works, but cannot infer missing header boundaries.
+
+Each application rebuilds from that baseline and publishes all affected copies
+and the mode's `annotation_modifications_applied.txt` in one rollback-capable
+transaction. Reapplying is idempotent; removing an instruction restores its prior
+content and membership. Annotation rereads refresh the baseline and replay the
+applied snapshot, not the draft. Selective redo preserves unaffected baseline
+layers so previous transfers are never included twice.
+
+The operation rebuilds per-label JPEGs, `info.json`, `Concat.jpg`, and the filtered
+BGnot PDF or Bnot JPEG. Every changed non-empty body is included in the filtered
+output, with its destination label's supplementary material. `score.json` is not
+modified. The GUI marks downstream return preparation stale. Rerun `giving-names`
+without `--update` to refresh both full outputs and individual answer exports.

docs/guide_utilisateur_gui.md

@@ -368,6 +368,56 @@ score.json** sert à mettre à jour les scores sur les images finales à
 partir d'une modification manuelle des fichiers `score.json`.
 
 
+### Modifier les réponses annotées
+
+Cette étape facultative se trouve après la lecture des annotations, pour **Bnot**
+et **BGnot**. Pour une ancienne évaluation, relancez d’abord **Lire les annotations
+manuscrites** : cette lecture enregistre maintenant la limite exacte de chaque
+en-tête et une référence sans perte des images annotées.
+
+Saisissez la **Copie**, le **Label source** et le **Label cible**, puis **Ajouter**.
+Les deux labels doivent exister ; la source doit avoir une réponse annotée. Une
+cible sans réponse est acceptée. Vous pouvez ajouter plusieurs instructions.
+
+Les boutons **Source**, **Cible** et **Cut** montrent uniquement le **corps de la
+réponse** : copie originale, annotations Gemini conservées et annotations
+manuscrites situées sur ce corps. Ils excluent le score, les commentaires globaux
+de l’en-tête, le contexte, l’énoncé et le corrigé. Les annotations manuscrites de
+l’en-tête restent dans leur en-tête. Le pourcentage de coupe porte sur la hauteur
+du corps uniquement. Aucun fragment n’est redimensionné lors des transferts.
+
+Les instructions sont enregistrées dans `annotation_modifications.txt` :
+
+```text
+### Source: BGnot
+Copie43 Ex 1 c{43}1> Ex 2|
+```
+
+Cet exemple conserve le début de la source (43 %) et ajoute la fin après le corps
+de la cible. `2` conserve la fin, `x` remplace le corps cible au lieu d’ajouter, et
+`|Ex 2` place le fragment avant la cible. Les opérateurs sans coupe de la résolution
+manuelle sont aussi disponibles et décrits dans le panneau. Une instruction par
+source ; une cible ne peut pas être source dans le même fichier. Plusieurs sources
+peuvent alimenter une cible, dans l’ordre du fichier.
+
+**Cut** prépare une commande à recopier. Utilisez **Ouvrir dans un éditeur de
+texte**, enregistrez puis **Recharger**. **Aperçu du résultat** montre les corps
+résultants pour la copie saisie. Cliquez sur **Make modifications** pour appliquer
+le fichier enregistré. Chaque label conserve son en-tête ; les scores restent
+inchangés. Les images individuelles, les images combinées, le PDF filtré BGnot
+(ou l’image filtrée Bnot) et les informations de présence sont reconstruits.
+Les réponses modifiées non vides sont incluses dans le résultat filtré, avec les
+compléments propres à leur label.
+
+Le fichier reste éditable après application. Réappliquer ne cumule pas les
+transferts : le traitement repart de la référence issue de la lecture des
+annotations. Retirer une ligne puis appliquer annule son effet. Une nouvelle
+lecture des annotations renouvelle la référence et réapplique les dernières
+instructions **appliquées**, sans prendre en compte un brouillon non appliqué.
+
+Relancez ensuite **Attribuer les noms et préparer A Rendre**, sans cocher l’option
+limitée aux images `answers`, afin d’actualiser tous les livrables.
+
 ### Attribuer les noms et préparer A Rendre
 
 **Effet :** rassemble les résultats de chaque élève dans le dossier `A Rendre`.