Restructuration de l'application

Architecture.org

@@ -0,0 +1,115 @@
+#+title:  Architecture et conventions de développement
+#+author: Sébastien Miquel
+#+date:   22-08-2026
+#+OPTIONS:
+
+Ce document décrit les invariants techniques du projet. Il s'adresse
+aux développeurs et aux agents logiciels qui modifient le dépôt.
+
+- [[file:Readme.org][Guide de démarrage]]
+- [[file:Script.org][Référence des étapes et des scripts]]
+
+* API commune pour les scripts
+
+Le paquet =copienator= centralise les chemins d'une évaluation et les
+écritures JSON sûres. Un script ne devrait donc plus reconstruire les
+chemins partagés à la main :
+
+#+BEGIN_SRC python
+from copienator import EvaluationWorkspace, atomic_write_json
+
+workspace = EvaluationWorkspace("Interro")
+atomic_write_json(workspace.correction_file, corrections)
+#+END_SRC
+
+=EvaluationWorkspace.discover(path)= retrouve également la racine d'une
+évaluation à partir d'un fichier ou d'un sous-dossier. Sa construction
+ne crée aucun fichier. La création explicite de
+=.copienator/logs/= et =.copienator/runs/= se fait avec
+=workspace.ensure_control_directories()=. Le chemin
+=.copienator/state.sqlite3= est réservé à une future couche d'état
+transactionnelle.
+
+=atomic_write_json= écrit d'abord dans un fichier temporaire situé dans
+le même dossier, synchronise son contenu, puis remplace la destination.
+Une interruption ne laisse donc pas un JSON partiellement écrit. Pour
+une modification concurrente de type lire-modifier-écrire, utiliser
+=atomic_update_json= : cet utilitaire protège l'opération complète avec
+un verrou inter-processus Linux/Windows.
+
+* Convention des scripts standardisés
+
+Les scripts standardisés exposent =build_parser()=, =run(...)= et
+=main(argv=None)=. Leur import ne lance aucun traitement. Ils acceptent
+le dossier d'évaluation comme premier argument positionnel, utilisent
+=EvaluationWorkspace= pour les chemins partagés et peuvent afficher la
+trace complète d'une erreur avec =--verbose=.
+
+Les codes de sortie communs sont :
+
+| Code | Signification |
+|------+---------------|
+|    0 | réussite |
+|    1 | erreur de traitement |
+|    2 | arguments invalides |
+|    3 | évaluation ou prérequis invalides |
+|    4 | traitement partiel, avec avertissements |
+|  130 | interruption par l'utilisateur |
+
+Le GUI distingue notamment un traitement partiel d'un échec. Toutes les
+commandes du paquet suivent désormais cette convention. Elles sont
+regroupées dans =copienator.commands= et exposées par le répartiteur
+=python -m copienator=.
+
+* Organisation du code
+
+- Le paquet =copienator= contient les abstractions partagées par les
+  scripts, notamment =EvaluationWorkspace= et les écritures atomiques.
+- Le paquet =copienator_gui= contient la définition du workflow, l'état
+  persistant, le lanceur de processus et l'application Tk.
+- Le sous-paquet =copienator.commands= contient les points d'entrée.
+  Leur import ne doit pas déclencher de traitement.
+- =copienator.dispatcher= expose le CLI unifié et =copienator_gui=
+  contient l'application Tk.
+
+* État et exécution du GUI
+
+L'état d'une évaluation est conservé dans =.copienator-gui.json=. Les
+valeurs des arguments, le dernier mode exécuté, les statuts et un
+historique borné y sont enregistrés atomiquement. Les sorties des
+processus sont conservées dans =.copienator/logs/=. Le GUI lance les
+scripts dans des processus séparés afin de pouvoir afficher leur sortie,
+leur transmettre une saisie et les interrompre.
+
+Les retours en arrière ne suppriment pas les artefacts. Ils marquent les
+étapes suivantes comme étant à revalider. Les automatismes de première
+visite sont également persistés et ne doivent pas être rejoués lors d'un
+retour en arrière.
+
+* Invariants à préserver
+
+- Utiliser =EvaluationWorkspace= pour les chemins partagés d'une
+  évaluation au lieu de reconstruire ces chemins dans chaque script.
+- Publier les JSON et les ensembles de fichiers importants de façon
+  atomique. Une interruption ou un résultat partiel doit conserver la
+  dernière sortie complète lorsqu'elle existe.
+- Conserver la convention =build_parser()=, =run(...)= et
+  =main(argv=None)= pour les scripts standardisés.
+- Ne lancer aucun traitement lors de l'import d'un module.
+- Retourner les codes de sortie communs afin que le GUI distingue une
+  réussite, un résultat partiel, un échec et une interruption.
+- Préserver les modifications manuelles et les fichiers déjà présents,
+  sauf lorsqu'une option explicite comme =--overwrite= ou =--reset=
+  autorise leur remplacement.
+- Les labels deviennent des noms de fichiers. Ils doivent donc respecter
+  les contraintes de la plateforme, notamment l'interdiction de =:= sous
+  Windows.
+
+* Règle de classement de la documentation
+
+- Une information nécessaire pour installer ou démarrer l'application
+  appartient à [[file:Readme.org][Readme.org]].
+- Une commande, un argument ou une étape du workflow appartient à
+  [[file:Script.org][Script.org]].
+- Une convention interne, un invariant ou une décision d'architecture
+  appartient au présent document.

Readme.org

@@ -1,10 +1,10 @@
-#+title:  Script
+#+title:  Copienator
 #+author: Sébastien Miquel
 #+date:   14-03-2026
-# Time-stamp: <20-08-26 11:37>
+# Time-stamp: <22-08-26 12:22>
 #+OPTIONS:
 
-* Méta
+* Présentation
 ** Quézaco
 
 Ce dépôt contient un certain nombre de script Python que j'utilise
@@ -21,23 +21,6 @@ pour faire corriger des copies par Gemini.
  4. Ces annotations manuscrites sont lues et recompilées en une
     version de la copie pour l'élève.
 
-** Disclaimer
-
-J'utilise régulièrement cet outil et j'en suis satisfait, mais j'ai
-fait peu d'efforts pour le rendre universel et simple à l'emploi.
-Plusieurs parties de mon workflow sont spécifiques à mes
-représentations internes des sujets d'examens et/ou à mon environment.
-
-L'utilisation de ce système nécessite une familiarité avec python et
-la ligne de commande unix ; cette familiarité n'est probablement pas
-suffisante en l'état, mais en théorie il devrait être possible de le
-faire tourner sur le dossier =Example= qui contient une copie
-initiale, les fichiers correspondant au sujet de l'interro, et des
-examples du rendu final (dans le sous dossier =BGnot=).
-
-Cette situation s'améliorera peut-être, mais faciliter l'utilisation
-de ce système n'est pas une priorité.
-
 ** Limitations
 
 Pour l'instant, la correction est faite question par question : le LLM
@@ -47,13 +30,8 @@ question précédente ou autre.
 
 *** Noms de labels sous Windows
 
-Certains labels sont utilisés directement comme noms de fichiers et de
+Les labels de questions sont utilisés comme noms de fichiers. Les
-dossiers. Les labels contenant notamment =:= ne sont pas acceptés par
+labels contenant notamment =:= ne sont pas acceptés par Windows.
-Windows. Sous Windows, les scripts refusent ces labels avant de
-poursuivre et affichent la liste des valeurs à corriger. Aucune
-conversion silencieuse n'est appliquée ; utiliser par exemple
-=Ex 1 - a)= au lieu de =Ex 1 : a)=. Le diagnostic du GUI permet de les
-repérer avant de lancer une étape.
 
 ** Requirements
 
@@ -63,8 +41,13 @@ Libraries :
 
 #+BEGIN_SRC bash
 pip install numpy pandas matplotlib pillow pydantic pypdf pdf2image reportlab img2pdf pymupdf ftfy ezodf google
+pip install -e .
 #+END_SRC
 
+La seconde commande installe les exécutables =copienator= et
+=copienator-gui=. Sans installation, les mêmes commandes restent
+accessibles avec =python -m copienator=.
+
 *** Poppler (for pdf2image)
 
  + Linux : install poppler-utils
@@ -75,9 +58,6 @@ pip install numpy pandas matplotlib pillow pydantic pypdf pdf2image reportlab im
 
 Il faut créer une clef API pour Gemini (pas facile).
 
-NB : Lors de la création, google offre (offrait ?) 300€ d'utilisation,
-mais seulement pendant les trois mois à venir.
-
 Puis ajouter =GEMINI_API_KEY= à l'environnement avec :
 
 #+BEGIN_SRC bash
@@ -91,23 +71,37 @@ ou éventuellement, la renseigner directement dans le fichier
 
 Copier `default_config.py` en `config.py`. Éventuellement le modifier.
 
-*** Interface graphique
+** Correction d'un paquet de copies
+
+ 1. Créer un fichier =names= dans le dossier courant, avec les
+    noms/prénoms des élèves, un par ligne
+ 2. Créer un dossier correspondant à l'évaluation (=Interro= dans la
+    suite)
+ 3. Suivre les instructions suivantes
+
+** Interface graphique
 
 Lancer l'assistant avec :
 
 #+BEGIN_SRC bash
-python gui.py
+python -m copienator gui
 #+END_SRC
 
-On peut aussi ouvrir directement une évaluation avec
+On peut aussi ouvrir directement une évaluation avec =python -m copienator gui
-=python gui.py Interro=. L'interface conserve l'état et l'historique
+Interro=. L'interface conserve l'état et l'historique des étapes dans
-des étapes dans =Interro/.copienator-gui.json=, et les sorties complètes
+=Interro/.copienator-gui.json=, et les sorties complètes dans
-dans =Interro/.copienator/logs/=. Une relance d'une étape antérieure ne
+=Interro/.copienator/logs/=. Une relance d'une étape antérieure ne
 supprime aucun résultat ; les étapes suivantes sont seulement marquées
 comme étant à revalider.
 
-La variable =SHOW_PERSONAL_STEPS= de =config.py= permet d'afficher ou de
+Après la réussite d'un script, l'interface sélectionne automatiquement
-masquer les étapes propres au workflow personnel.
+l'étape suivante. =Découper les réponses par question= et =Regrouper
+les réponses= démarrent automatiquement lors de leur première visite.
+Avec le mode =Correction immédiate=, les trois étapes batch sont alors
+marquées =Ignorée= à leur première visite. L'étape de résolution
+manuelle est traitée de la même façon si =manual_resolutions.txt= est
+absent, vide ou ne contient que des commentaires. Ces automatismes ne
+se répètent pas lors d'un retour en arrière.
 
 Le bouton =Diagnostic…= vérifie les modules Python, Poppler, LaTeX,
 PDF Arranger et la configuration Gemini. Sous Windows, les exécutables
@@ -119,413 +113,9 @@ Les chemins des étapes personnelles peuvent être adaptés avec
 =CURRENT_SCORE_ODS_PATH=, =FINAL_SCORE_ODS_PATH=,
 =FINAL_SCORE_OUTPUT_DIR= et =FINAL_SCORE_FONT_PATH= dans =config.py=.
 
-*** API commune pour les scripts
+* Documentation complémentaire
 
-Le paquet =copienator= centralise les chemins d'une évaluation et les
+- [[file:Script.org][Référence des étapes et des scripts]] : commandes, arguments,
-écritures JSON sûres. Un script ne devrait donc plus reconstruire les
+  prérequis, fichiers produits et parcours alternatifs.
-chemins partagés à la main :
+- [[file:Architecture.org][Architecture et conventions de développement]] : API commune,
-
+  état partagé, écritures sûres et règles de maintenance.
-#+BEGIN_SRC python
-from copienator import EvaluationWorkspace, atomic_write_json
-
-workspace = EvaluationWorkspace("Interro")
-atomic_write_json(workspace.correction_file, corrections)
-#+END_SRC
-
-=EvaluationWorkspace.discover(path)= retrouve également la racine d'une
-évaluation à partir d'un fichier ou d'un sous-dossier. Sa construction
-ne crée aucun fichier. La création explicite de
-=.copienator/logs/= et =.copienator/runs/= se fait avec
-=workspace.ensure_control_directories()=. Le chemin
-=.copienator/state.sqlite3= est réservé à une future couche d'état
-transactionnelle.
-
-=atomic_write_json= écrit d'abord dans un fichier temporaire situé dans
-le même dossier, synchronise son contenu, puis remplace la destination.
-Une interruption ne laisse donc pas un JSON partiellement écrit. Pour
-une modification concurrente de type lire-modifier-écrire, utiliser
-=atomic_update_json= : cet utilitaire protège l'opération complète avec
-un verrou inter-processus Linux/Windows.
-
-*** Convention des scripts standardisés
-
-Les scripts standardisés exposent =build_parser()=, =run(...)= et
-=main(argv=None)=. Leur import ne lance aucun traitement. Ils acceptent
-le dossier d'évaluation comme premier argument positionnel, utilisent
-=EvaluationWorkspace= pour les chemins partagés et peuvent afficher la
-trace complète d'une erreur avec =--verbose=.
-
-Les codes de sortie communs sont :
-
-| Code | Signification |
-|------+---------------|
-|    0 | réussite |
-|    1 | erreur de traitement |
-|    2 | arguments invalides |
-|    3 | évaluation ou prérequis invalides |
-|    4 | traitement partiel, avec avertissements |
-|  130 | interruption par l'utilisateur |
-
-Le GUI distingue notamment un traitement partiel d'un échec. Les
-scripts migrés vers cette convention sont actuellement :
-
-- =copies_tools.py=, =grouping.py= et =verify_groups.py= ;
-- =post-correction.py= et =resolve_manual.py= ;
-- =page_splitter.py=, =cutleft.py=, =plotting.py= et
-  =splitting_int.py= ;
-- =gemini_for_labels.py= ;
-- =gemini_for_enonce.py= et =enonce_info.py= ;
-- =correction.py=, =submit_batches.py=, =batch_status.py= et
-  =fetch_batched_results.py= ;
-- =annotating.py=, =annotating_with_checks.py= et
-  =annotating_by_label.py= ;
-- =reading_annotations.py= et =reading_grouped_annotations.py= ;
-- =export.py=, =import.py= et =giving_names.py=.
-
-** Correction d'un paquet de copies
-
- 1. Créer un fichier =names= dans le dossier courant, avec les
-    noms/prénoms des élèves, un par ligne
- 2. Créer un dossier correspondant à l'évaluation (=Interro= dans la
-    suite)
- 3. Suivre les instructions suivantes
-
-
-* Étapes et Script
-
-Utiliser `python gui.py` ou `python gui.py Interro` pour lancer un GUI
-qui suit automatiquement les étapes décrites ci-dessous.
-
-** Prétraitement de l'énoncé
-
-Dans le dossier de l'évaluation, mettre les fichiers suivants de l'évaluation :
-
-`enonce.pdf`, `enonce.tex`, `correction.tex`.
-
- - `python gemini_for_enonce.py Interro` or
-   `python gemini_for_enonce.py Interro --restart`
-
-   À partir des trois fichiers précédents, se charge de détecter les
-   labels des questions et leur contenu.
-
-   Les questions vont également être regroupées. Par la suite, quand
-   des requêtes de corrections seront effectuées sur une question,
-   seulement les énoncés des questions du groupe seront envoyés (et le
-   corrigé de la question). Il faut donc que chaque groupe contienne
-   si possible le contexte nécessaire pour comprendre la question.
-
-   Une fenêtre s'ouvre pour permettre d'éditer le résultat. Ne pas
-   hésiter à faire des groupes plus gros que les groupes par défaut.
-
-   Après relecture le script génère :
-
-   + un fichier `labels` avec les labels des questions
-   + Un dossier `Text` avec le contenu textuel des questions,
-     regroupées.
-   + Un dossier `Sol` avec le contenu textuel du corrigé, question par
-     question.
-   + Un dossier `Text2`, qui compile un fichier `.tex` pour chaque
-     question (utilisé pour compiler un rendu pdf du corrigé pour
-     chaque question)
-   + Un dossier `Sol2`, qui compile un fichier `.tex` pour chaque
-     correction de chaque question.
-   + Un dossier `Persp` avec des instruction de barème pour chaque
-     question.
-
-   Éventuellement : vérifier et modifier les barèmes dans `Persp`.
-
- - Alternative personnelle : `python enonce_info.py Interro`
-
-   Ces deux commandes suivent la convention des scripts standardisés.
-   Leur import ne lance aucun traitement et les erreurs partielles sont
-   distinguées des échecs. Les réponses d'extraction mises en cache par
-   =gemini_for_enonce.py= et le fichier =labels= sont publiés
-   atomiquement.
-
-** Prétraitement des copies
-
-Mettre les copies scannées au format pdf dans =Interro=.
-
- 1. =python copies_tools.py rotate Interro= (facultatif)
-
-    Retourne tous les pdf de 180°, si la photocopie a été faite à
-    l'envers.
- 2. =python copies_tools.py rename Interro=
-     change le nom des copies en =Copie{id}.pdf=
- 3. =python page_splitter.py Interro=
-
-    Découpe des copies A3 en pages A4, en retirant les pages vides.
-
-    Pour chaque page double il est possible
-    + de garder les deux pages
-    + de ne garder qu'une des deux pages.
-    + de jeter les deux pages
-    + de déplacer la délimitation à droite/gauche
-
-    Fix issues with =python page_splitter.py Interro14/Copies/Copie01.pdf=
-
-    Le PDF transformé est construit dans un dossier temporaire. La
-    copie produite et la sauvegarde dans =Copies Originales= sont
-    ensuite installées avec rollback : une erreur conserve les deux
-    versions précédentes. Une relance ciblée lit directement la
-    sauvegarde originale sans la déplacer au préalable.
- 4. =python cutleft.py Interro=
-
-    Découpe la partie gauche des copies, là où il devrait y avoir les
-    labels des exercices/questions.
-
-    =python cutleft.py Interro --fullpage= to use the full page always.
-
-    Rerun on a single file with =python cutleft.py Interro/Copies/Copie01.pdf=
-
-    Les images et le fichier =_schema.json= d'une copie sont remplacés
-    ensemble. Fermer l'outil juste après la dernière validation ne peut
-    donc plus interrompre un thread de sauvegarde en arrière-plan.
-
-** Labelisation et regroupement
-
-Optional : Set proxy with ~export HTTPS_PROXY="http://10.0.0.1:3128"~
-
- 1. =python gemini_for_labels.py Interro=, avec éventuellement =--overwrite=
-
-    Fait des requêtes à Gemini pour identifier les labels des
-    questions dans images générées à partir des parties gauches des copies.
-
-    Une copie PDF ou une image précise de =Cutleft= peut également être
-    ciblée. Plusieurs cibles de la même évaluation sont acceptées. Les
-    parties d'une copie restent traitées séquentiellement afin de
-    conserver les labels précédents comme contexte, tandis que les
-    copies différentes sont traitées en parallèle. Chaque réponse JSON
-    validée est écrite atomiquement. Une cible sans image correspondante
-    produit le code de sortie 4.
- 2. =python plotting.py Interro=
-
-    Permet de vérifier visuellement les labels trouvés.
-    + Sous linux, on peut faire =e= pour ouvrir le fichier .json et
-      l'éditer a la main.
-    + Quand un label est manquant, il est possible de cliquer sur
-      l'image, ce qui copie les coordonnées dans le presse papier
-      (sous linux…), puis on peut l'ajouter à la main.
-    + Utilisation de `_`, `|…` et `…|` :
-      + `|…` n'est pas arrêté verticalement par son type opposé.
-      + `…|` est stoppé horizontalement par le `|…` le plus proche.
-    Pour modifier une seule copie :
-    =python plotting.py Interro/Copies/Copie01.pdf=
-
-    Les coordonnées agrégées sont écrites atomiquement dans le JSON de
-    la copie. Fermer la fenêtre avant la fin d'une copie ne remplace pas
-    son JSON par un résultat incomplet.
-
-    It also generates les =Copie01.json=, à partir des =Copie01_01.json=
-    En cas de soucis, (par exemple les pages ne sont pas dans le bon ordre)
-     - Réordonner les pages du fichier pdf
-     - Rerun =python cutleft.py Interro/Copie{id}=
-     - Rerun =python gemini_for_labels.py Interro/Copie{id}=
- 3. =python splitting_int.py Interro=
-
-    Découpe les copies suivant les exercices
-    Peut-être appelé avec une seule copie.
-
-    Les réponses d'une copie sont préparées dans un dossier temporaire,
-    puis remplacent ensemble le dossier précédent. En cas d'erreur,
-    l'ancienne version est conservée. Les réponses devenues obsolètes
-    restent archivées dans le sous-dossier =Missing=.
- 4. =python grouping.py Interro=
-
-    Regroupe les mêmes questions de différentes copies en groupes de
-    tailles raisonnables.
- 5. Facultatif : =python verify_groups.py Interro=
-
-    Vérifie que chaque réponse PDF apparaît bien dans les métadonnées
-    des groupes. La commande renvoie un code non nul si une réponse est
-    absente ou si la vérification est incomplète.
-
-** Correction et annotation
-
-Optional : Set proxy with ~export HTTPS_PROXY="http://10.0.0.1:3128"~
-
- 1. Il faut créer des persp, pour indication de comment corriger, et
-    relancer =enonce_info.py=
- 2. =python correction.py Interro --limit 240= OU
-    =python correction.py Interro/Par\ label/Ex\ 2/Group_1.jpg= OU
-    =python correction.py Interro --overwrite=
-
-    Fais les requêtes de correction à Gemini.
-
-    =correction.py= peut être relancé sans supprimer son état. Les
-    fichiers =correction.json= et =correction_progress.json= sont mis à
-    jour atomiquement. Avec =--overwrite=, leur version précédente reste
-    en place jusqu'à la première écriture réussie de la nouvelle
-    exécution. =--reset= est la seule option qui supprime explicitement
-    cet état et restaure les fichiers =*_old.pdf=.
-
-    L'argument =limit= limite le nombre de requêtes à Gemini Pro
-    (chères), pour une version low cost, passer =--limit 0=, toutes
-    les requêtes seront sur Gemini Flash.
-
-    Will it resume ? It seems so. Best to wait a bit.
-
-    Pour diminuer le coût, il est possible de batch les requêtes, qui
-    seront alors traitées sous au plus 24h.
-    + =python correction.py Interro --batch=
-    + OU =python correction.py Interro --batch-from 'Ex 4'=
-    + =python submit_batches.py Interro=
-    + =python batch_status.py=
-    + =python fetch_batched_results.py Interro=
-    + =python correction.py Interro --deal-with-batched=
-
-    Les quatre commandes de ce flux suivent la convention des scripts
-    standardisés. Les fichiers de requêtes et le résultat JSONL combiné
-    sont publiés atomiquement : une interruption ne laisse pas de fichier
-    final partiellement écrit. =submit_batches.py= conserve aussi les
-    identifiants distants dans =batch_jobs.json= ; la récupération les
-    utilise en priorité et garde la recherche par nom pour les anciens
-    batchs. =batch_status.py --download JOB --output
-    resultat.jsonl= permet aussi de télécharger atomiquement le résultat
-    d'un job particulier.
- 3. =python post-correction.py Interro=
-
-    - Essaye de corriger des erreurs d'encodage/d'accents dans
-      =correction.json=.
-    - aussi échappe les `_` en dehors du mode math, pour LaTeX.
- 4. Résolution manuel de conflits, s'il y en a.
-
-    Edit `manual_resolutions.txt`. Use :
-    + `->` or `x>` : Here set a pipe `|` before or after the new_label name
-    + `-x` : replace the goal
-    + `ss` : do nothing
-    + `sx` : stay, and remove goal.
-    + `xx` : move to goal.
-    + `xs` : remove old, keep goal.
-
-    Then call `python resolve_manual.py Interro`
- 5. Call `python correction.py Interro --refaire`.
-
-
-** Génération des copies annotées
-
- 1. =python annotating.py Interro= (facultatif)
-
-    Ajoute les annotations Gemini aux copies, enregistrées dans le dossier =Anot=.
-    On peut passer l'argument =--overwrite=.
-OU
- 2. =python annotating_with_checks.py Interro=
-
-    Ajoute les annotations Gemini, et des checkboxes à cocher.
-    Enregistrées dans le dossier =Bnot=,
-    =--overwrite=
-
-    Une seule copie peut être ciblée avec, par exemple,
-    =python annotating_with_checks.py Interro/Copies/Copie01.pdf=.
-    Le mode =--refaire= exige un fichier =refaire.json= et écrit dans
-    =BRnot=.
-OU
- 2. =python annotating_by_label.py Interro= dans =BGnot=
-
-    Ajoute les annotations Gemini, et des checkboxes, et regroupe les
-    réponses par question.
-    Enregistrées dans =BGnot=
-
-    _Needs_ : label_groups file (made automatically by this function),
-    qui dit quelles questions regrouper.
-
-Dans ces trois modes, les métadonnées JSON sont écrites atomiquement.
-Lors d'une régénération, les nouvelles sorties sont préparées dans un
-dossier temporaire voisin. Une erreur de rendu conserve donc la sortie
-précédente ; pour =BGnot --overwrite=, le dossier complet n'est remplacé
-que si tous les groupes ont été produits.
- 3. =python export.py Interro= (gestion perso)
-    Cela déplace les groupes dans le dossier configuré par =EXPORT_DIR=
-    (par défaut =Export=).
-
-Il faut ensuite annoter les fichiers dans `EXPORT_DIR` avec une
-tablette graphique.
-
-** Lecture de la correction manuscrite
-
-_Before_ : vider le dossier configuré par =IMPORT_DIR= (par défaut
-=Import=), puis y copier ou synchroniser les fichiers depuis la tablette.
-
- 1. =python import.py Interro=
-
-    Une fois les corrections manuelles appliquées aux fichiers
-    =Concat.pdf=, il faut enregistrer le fichier annoté au même endroit,
-    sous le nom =Concat_annotated.pdf=.
-
- 2. =python reading_annotations.py Interro=
-
-     Lit les =Concat_annotated= dans =Bnot=, regénère les copies avec
-     les modifications. Les fichiers générés (=score.json=,
-     =Concat.jpg=, etc.) sont préparés séparément puis installés
-     ensemble. Les entrées du dossier =Bnot= restent en place et une
-     erreur de génération conserve les anciennes sorties.
-OU
- 2. =python reading_grouped_annotations.py Interro=
-
-    Idem, mais pour =BGnot=. Les tâches parallèles remontent leurs
-    erreurs au processus principal au lieu de les ignorer.
-
- 3. =python giving_names.py Interro BGnot=
-
-    Crée un dossier =A Rendre= avec des liens symboliques vers
-    + La copie à rendre
-    + un fichier =score.json= qui contient les notes par question
-
-    Si un nom est =Unknown= : renommer à la main le dossier et le fichier dedans.
- 4. Éventuellement, faire des modifications manuelles aux =score.json=.
-
-    Puis
-    - `python reading_annotations.py --update-score Interro`
-    - `python reading_grouped_annotations.py --update-score Interro`
-    pour mettre à jour les scores dans les images.
- 4. (gestion perso)
-    + =gestion_classe ne= pour créer l'interro puis
-    + =gestion_classe we= (set barème here)
-    + =python update_ods.py Interro=
-      ou =python update_ods.py Interro --sum= (en l'absence de barème)
-    + =gestion_classe re=
-    + =gestion_classe wsent=
-    + =python add_final_score.py Interro21=
-      (this makes files in =Server/copies=)
- 5. (gestion perso)
-    + Deploy =miqmacs-copies-assets=, and
-    + update the copies from =miqmacs.fr/admin=.
- 6. (gestion perso) Impression d'une copie. Via Evince » print to pdf.
-
-* Autres
-** Recorrection d'une seule copie (peu testé)
-
-!! Attention, refaire ne marchera pas si tu fais une annotation non
-groupée into refaire !!
-
- 1. Redécoupage
-    + =python plotting.py InterroTest/Copie01.pdf=
-    + =python splitting_int.py InterroTest/Copie20.pdf=
- 2. Créer =refaire.json=, avec un contenu comme
-    : [["Copie02", []],
-    :  ["Copie01", ["Ex 1 : 1)"]]]
- 3. Appeler =correction= avec --refaire. Il doit créer des groupes
-    individuels, faire des requêtes, et remplacer les corrections
-    précédentes (à sauver ailleurs).
-
-    Ou non, si tu veux le faire à la main.
- 4. ?? Si je fais refaire, avant d'avoir créer les annotating with
-    checks, que se passe-t-il ???
- 5. Appeler =annotating_with_checks.py --refaire --overwrite=
- 6. =python export.py --refaire Interro24=
- 6. =python import.py --refaire Interro24=
- 7. =python reading_grouped_annotations.py --refaire Interro24=
-
-    Avec =--refaire=, =refaire.json= et le dossier =BRnot= sont des
-    prérequis obligatoires ; leur absence produit le code de sortie 3.
-
-** Exemple de replotting, refaire d'une copie
-
- 1. replot it.
- 2. `python splitting_int.py DS09VA/Copies/Copie25.pdf`
-    this will get rid of old/new.
-    !! Attention, et si ça dégage un new : bad bad bad.
- 3. Make `refaire.json`, avec la copie, et les labels à refaire.
- 4. `python correction.py DS09VA --refaire`
- 5. `python annotating_with_checks.py DS09VA --refaire`
- 6. `python import.py Interro24 --refaire`

Script.org

@@ -0,0 +1,353 @@
+#+title:  Référence des étapes et des scripts
+#+author: Sébastien Miquel
+#+date:   22-08-2026
+#+OPTIONS:
+
+Ce document décrit le workflow détaillé, les commandes disponibles et
+les parcours alternatifs.
+
+- [[file:Readme.org][Guide de démarrage]]
+- [[file:Architecture.org][Architecture et conventions de développement]]
+
+* Étapes et Script
+
+Utiliser `python -m copienator gui` ou `python -m copienator gui Interro` pour lancer un GUI
+qui suit automatiquement les étapes décrites ci-dessous.
+
+** Prétraitement de l'énoncé
+
+Dans le dossier de l'évaluation, mettre les fichiers suivants de l'évaluation :
+
+`enonce.pdf`, `enonce.tex`, `correction.tex`.
+
+ - `python -m copienator statement Interro` or
+   `python -m copienator statement Interro --restart`
+
+   À partir des trois fichiers précédents, se charge de détecter les
+   labels des questions et leur contenu.
+
+   Les questions vont également être regroupées. Par la suite, quand
+   des requêtes de corrections seront effectuées sur une question,
+   seulement les énoncés des questions du groupe seront envoyés (et le
+   corrigé de la question). Il faut donc que chaque groupe contienne
+   si possible le contexte nécessaire pour comprendre la question.
+
+   Une fenêtre s'ouvre pour permettre d'éditer le résultat. Ne pas
+   hésiter à faire des groupes plus gros que les groupes par défaut.
+
+   Après relecture le script génère :
+
+   + un fichier `labels` avec les labels des questions
+   + Un dossier `Text` avec le contenu textuel des questions,
+     regroupées.
+   + Un dossier `Sol` avec le contenu textuel du corrigé, question par
+     question.
+   + Un dossier `Text2`, qui compile un fichier `.tex` pour chaque
+     question (utilisé pour compiler un rendu pdf du corrigé pour
+     chaque question)
+   + Un dossier `Sol2`, qui compile un fichier `.tex` pour chaque
+     correction de chaque question.
+   + Un dossier `Persp` avec des instruction de barème pour chaque
+     question.
+
+   Éventuellement : vérifier et modifier les barèmes dans `Persp`.
+
+ - Alternative personnelle : `python -m copienator statement-personal Interro`
+
+   Ces deux commandes suivent la convention des scripts standardisés.
+   Leur import ne lance aucun traitement et les erreurs partielles sont
+   distinguées des échecs. Les réponses d'extraction mises en cache par
+   =copienator statement= et le fichier =labels= sont publiés
+   atomiquement.
+
+** Prétraitement des copies
+
+Mettre les copies scannées au format pdf dans =Interro=.
+
+ 1. =python -m copienator copies rotate Interro= (facultatif)
+
+    Retourne tous les pdf de 180°, si la photocopie a été faite à
+    l'envers.
+ 2. =python -m copienator copies rename Interro=
+     change le nom des copies en =Copie{id}.pdf=
+ 3. =python -m copienator page-split Interro=
+
+    Découpe des copies A3 en pages A4, en retirant les pages vides.
+
+    Pour chaque page double il est possible
+    + de garder les deux pages
+    + de ne garder qu'une des deux pages.
+    + de jeter les deux pages
+    + de déplacer la délimitation à droite/gauche
+
+    Fix issues with =python -m copienator page-split Interro14/Copies/Copie01.pdf=
+
+    Le PDF transformé est construit dans un dossier temporaire. La
+    copie produite et la sauvegarde dans =Copies Originales= sont
+    ensuite installées avec rollback : une erreur conserve les deux
+    versions précédentes. Une relance ciblée lit directement la
+    sauvegarde originale sans la déplacer au préalable.
+ 4. =python -m copienator crop-labels Interro=
+
+    Découpe la partie gauche des copies, là où il devrait y avoir les
+    labels des exercices/questions.
+
+    =python -m copienator crop-labels Interro --fullpage= to use the full page always.
+
+    Rerun on a single file with =python -m copienator crop-labels Interro/Copies/Copie01.pdf=
+
+    Les images et le fichier =_schema.json= d'une copie sont remplacés
+    ensemble. Fermer l'outil juste après la dernière validation ne peut
+    donc plus interrompre un thread de sauvegarde en arrière-plan.
+
+** Labelisation et regroupement
+
+Optional : Set proxy with ~export HTTPS_PROXY="http://10.0.0.1:3128"~
+
+ 1. =python -m copienator labels Interro=, avec éventuellement =--overwrite=
+
+    Fait des requêtes à Gemini pour identifier les labels des
+    questions dans images générées à partir des parties gauches des copies.
+
+    Une copie PDF ou une image précise de =Cutleft= peut également être
+    ciblée. Plusieurs cibles de la même évaluation sont acceptées. Les
+    parties d'une copie restent traitées séquentiellement afin de
+    conserver les labels précédents comme contexte, tandis que les
+    copies différentes sont traitées en parallèle. Chaque réponse JSON
+    validée est écrite atomiquement. Une cible sans image correspondante
+    produit le code de sortie 4.
+ 2. =python -m copienator review-labels Interro=
+
+    Permet de vérifier visuellement les labels trouvés.
+    + Sous linux, on peut faire =e= pour ouvrir le fichier .json et
+      l'éditer a la main.
+    + Quand un label est manquant, il est possible de cliquer sur
+      l'image, ce qui copie les coordonnées dans le presse papier
+      (sous linux…), puis on peut l'ajouter à la main.
+    + Utilisation de `_`, `|…` et `…|` :
+      + `|…` n'est pas arrêté verticalement par son type opposé.
+      + `…|` est stoppé horizontalement par le `|…` le plus proche.
+    Pour modifier une seule copie :
+    =python -m copienator review-labels Interro/Copies/Copie01.pdf=
+
+    Les coordonnées agrégées sont écrites atomiquement dans le JSON de
+    la copie. Fermer la fenêtre avant la fin d'une copie ne remplace pas
+    son JSON par un résultat incomplet.
+
+    It also generates les =Copie01.json=, à partir des =Copie01_01.json=
+    En cas de soucis, (par exemple les pages ne sont pas dans le bon ordre)
+     - Réordonner les pages du fichier pdf
+     - Rerun =python -m copienator crop-labels Interro/Copie{id}=
+     - Rerun =python -m copienator labels Interro/Copie{id}=
+ 3. =python -m copienator split-answers Interro=
+
+    Découpe les copies suivant les exercices
+    Peut-être appelé avec une seule copie.
+
+    Les réponses d'une copie sont préparées dans un dossier temporaire,
+    puis remplacent ensemble le dossier précédent. En cas d'erreur,
+    l'ancienne version est conservée. Les réponses devenues obsolètes
+    restent archivées dans le sous-dossier =Missing=.
+ 4. =python -m copienator group-answers Interro=
+
+    Regroupe les mêmes questions de différentes copies en groupes de
+    tailles raisonnables.
+ 5. Facultatif : =python -m copienator verify-groups Interro=
+
+    Vérifie que chaque réponse PDF apparaît bien dans les métadonnées
+    des groupes. La commande renvoie un code non nul si une réponse est
+    absente ou si la vérification est incomplète.
+
+** Correction et annotation
+
+Optional : Set proxy with ~export HTTPS_PROXY="http://10.0.0.1:3128"~
+
+ 1. Il faut créer des persp, pour indication de comment corriger, et
+    relancer =copienator statement-personal=
+ 2. =python -m copienator correct Interro --limit 240= OU
+    =python -m copienator correct Interro/Par\ label/Ex\ 2/Group_1.jpg= OU
+    =python -m copienator correct Interro --overwrite=
+
+    Fais les requêtes de correction à Gemini.
+
+    =copienator correct= peut être relancé sans supprimer son état. Les
+    fichiers =correction.json= et =correction_progress.json= sont mis à
+    jour atomiquement. Avec =--overwrite=, leur version précédente reste
+    en place jusqu'à la première écriture réussie de la nouvelle
+    exécution. =--reset= est la seule option qui supprime explicitement
+    cet état et restaure les fichiers =*_old.pdf=.
+
+    L'argument =limit= limite le nombre de requêtes à Gemini Pro
+    (chères), pour une version low cost, passer =--limit 0=, toutes
+    les requêtes seront sur Gemini Flash.
+
+    Pour diminuer le coût, il est possible de batch les requêtes, qui
+    seront alors traitées sous au plus 24h.
+    + =python -m copienator correct Interro --batch=
+    + OU =python -m copienator correct Interro --batch-from 'Ex 4'=
+    + =python -m copienator batch-submit Interro=
+    + =python -m copienator batch-status=
+    + =python -m copienator batch-fetch Interro=
+    + =python -m copienator correct Interro --deal-with-batched=
+
+    Les quatre commandes de ce flux suivent la convention des scripts
+    standardisés. Les fichiers de requêtes et le résultat JSONL combiné
+    sont publiés atomiquement : une interruption ne laisse pas de fichier
+    final partiellement écrit. =copienator batch-submit= conserve aussi les
+    identifiants distants dans =batch_jobs.json= ; la récupération les
+    utilise en priorité et garde la recherche par nom pour les anciens
+    batchs. =python -m copienator batch-status --download JOB --output
+    resultat.jsonl= permet aussi de télécharger atomiquement le résultat
+    d'un job particulier.
+ 3. =python -m copienator post-correction Interro=
+
+    - Essaye de corriger des erreurs d'encodage/d'accents dans
+      =correction.json=.
+    - aussi échappe les `_` en dehors du mode math, pour LaTeX.
+ 4. Résolution manuel de conflits, s'il y en a.
+
+    Edit `manual_resolutions.txt`. Use :
+    + `->` or `x>` : Here set a pipe `|` before or after the new_label name
+    + `-x` : replace the goal
+    + `ss` : do nothing
+    + `sx` : stay, and remove goal.
+    + `xx` : move to goal.
+    + `xs` : remove old, keep goal.
+
+    Then call `python -m copienator resolve-manual Interro`
+ 5. Call `python -m copienator correct Interro --refaire`.
+
+
+** Génération des copies annotées
+
+ 1. =python -m copienator annotate-simple Interro= (facultatif)
+
+    Ajoute les annotations Gemini aux copies, enregistrées dans le dossier =Anot=.
+    On peut passer l'argument =--overwrite=.
+OU
+ 2. =python -m copienator annotate-checks Interro=
+
+    Ajoute les annotations Gemini, et des checkboxes à cocher.
+    Enregistrées dans le dossier =Bnot=,
+    =--overwrite=
+
+    Une seule copie peut être ciblée avec, par exemple,
+    =python -m copienator annotate-checks Interro/Copies/Copie01.pdf=.
+    Le mode =--refaire= exige un fichier =refaire.json= et écrit dans
+    =BRnot=.
+OU
+ 2. =python -m copienator annotate-grouped Interro= dans =BGnot=
+
+    Ajoute les annotations Gemini, et des checkboxes, et regroupe les
+    réponses par question.
+    Enregistrées dans =BGnot=
+
+    _Needs_ : label_groups file (made automatically by this function),
+    qui dit quelles questions regrouper.
+
+ 3. =python -m copienator export Interro BGnot= (gestion perso)
+    Cela déplace les groupes dans le dossier configuré par =EXPORT_DIR=
+    (par défaut =Export=).
+
+    Le second argument peut être =BGnot=, =Bnot= ou =Anot= et reste
+    facultatif (=BGnot= par défaut). =Anot= exporte =Concat.jpg= ; les
+    deux autres modes exportent =Concat.pdf=. Dans le GUI, seuls les
+    dossiers présents sont proposés et le mode de la dernière génération
+    d'annotations est présélectionné.
+
+Il faut ensuite annoter les fichiers dans `EXPORT_DIR` avec une
+tablette graphique.
+
+** Lecture de la correction manuscrite
+
+_Before_ : vider le dossier configuré par =IMPORT_DIR= (par défaut
+=Import=), puis y copier ou synchroniser les fichiers depuis la tablette.
+
+ 1. =python -m copienator import Interro BGnot=
+
+    Une fois les corrections manuelles appliquées aux fichiers
+    =Concat.pdf=, il faut enregistrer le fichier annoté au même endroit,
+    sous le nom =Concat_annotated.pdf=.
+
+    Comme pour l'export, le second argument accepte =BGnot=, =Bnot= ou
+    =Anot=. Le GUI présélectionne le dossier utilisé lors du dernier
+    export. Pour =Anot=, l'image est importée sous le nom
+    =Concat_annotated.jpg=.
+
+ 2. =python -m copienator read-annotations Interro=
+
+     Lit les =Concat_annotated= dans =Bnot=, regénère les copies avec
+     les modifications. Les fichiers générés (=score.json=,
+     =Concat.jpg=, etc.) sont préparés séparément puis installés
+     ensemble. Les entrées du dossier =Bnot= restent en place et une
+     erreur de génération conserve les anciennes sorties.
+OU
+ 2. =python -m copienator read-grouped Interro=
+
+    Idem, mais pour =BGnot=. Les tâches parallèles remontent leurs
+    erreurs au processus principal au lieu de les ignorer.
+
+ 3. =python -m copienator giving-names Interro BGnot=
+
+    Crée un dossier =A Rendre= avec des liens symboliques vers
+    + La copie à rendre
+    + un fichier =score.json= qui contient les notes par question
+
+    Si un nom est =Unknown= : renommer à la main le dossier et le fichier dedans.
+ 4. Éventuellement, faire des modifications manuelles aux =score.json=.
+
+    Puis
+    - `python -m copienator read-annotations --update-score Interro`
+    - `python -m copienator read-grouped --update-score Interro`
+    pour mettre à jour les scores dans les images.
+ 4. (gestion perso)
+    + =gestion_classe ne= pour créer l'interro puis
+    + =gestion_classe we= (set barème here)
+    + =python -m copienator update-ods Interro=
+      ou =python -m copienator update-ods Interro --sum= (en l'absence de barème)
+    + =gestion_classe re=
+    + =gestion_classe wsent=
+    + =python -m copienator add-final-score Interro21=
+      (this makes files in =Server/copies=)
+ 5. (gestion perso)
+    + Deploy =miqmacs-copies-assets=, and
+    + update the copies from =miqmacs.fr/admin=.
+ 6. (gestion perso) Impression d'une copie. Via Evince » print to pdf.
+
+* Autres
+** Recorrection d'une seule copie (peu testé)
+
+!! Attention, refaire ne marchera pas si tu fais une annotation non
+groupée into refaire !!
+
+ 1. Redécoupage
+    + =python -m copienator review-labels InterroTest/Copie01.pdf=
+    + =python -m copienator split-answers InterroTest/Copie20.pdf=
+ 2. Créer =refaire.json=, avec un contenu comme
+    : [["Copie02", []],
+    :  ["Copie01", ["Ex 1 : 1)"]]]
+ 3. Appeler =correction= avec --refaire. Il doit créer des groupes
+    individuels, faire des requêtes, et remplacer les corrections
+    précédentes (à sauver ailleurs).
+
+    Ou non, si tu veux le faire à la main.
+ 4. ?? Si je fais refaire, avant d'avoir créer les annotating with
+    checks, que se passe-t-il ???
+ 5. Appeler =python -m copienator annotate-checks --refaire --overwrite=
+ 6. =python -m copienator export --refaire Interro24=
+ 6. =python -m copienator import --refaire Interro24=
+ 7. =python -m copienator read-grouped --refaire Interro24=
+
+    Avec =--refaire=, =refaire.json= et le dossier =BRnot= sont des
+    prérequis obligatoires ; leur absence produit le code de sortie 3.
+
+** Exemple de replotting, refaire d'une copie
+
+ 1. replot it.
+ 2. `python -m copienator split-answers DS09VA/Copies/Copie25.pdf`
+    this will get rid of old/new.
+    !! Attention, et si ça dégage un new : bad bad bad.
+ 3. Make `refaire.json`, avec la copie, et les labels à refaire.
+ 4. `python -m copienator correct DS09VA --refaire`
+ 5. `python -m copienator annotate-checks DS09VA --refaire`
+ 6. `python -m copienator import Interro24 --refaire`

copienator/__main__.py

@@ -0,0 +1,5 @@
+from .dispatcher import main
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())

copienator/commands/__init__.py

@@ -0,0 +1,5 @@
+"""Executable Copienator commands.
+
+Command modules expose a ``main(argv=None)`` entry point and may also expose
+their processing functions for reuse and tests.
+"""

copienator/commands/add_final_score.py

@@ -7,7 +7,7 @@ from pathlib import Path
 import pandas as pd
 from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont
 
-from config import FINAL_SCORE_FONT_PATH, FINAL_SCORE_ODS_PATH, FINAL_SCORE_OUTPUT_DIR
+from copienator.configuration import FINAL_SCORE_FONT_PATH, FINAL_SCORE_ODS_PATH, FINAL_SCORE_OUTPUT_DIR
 
 # Configuration constants
 ODS_PATH = Path(FINAL_SCORE_ODS_PATH).expanduser()
@@ -112,14 +112,17 @@ def process_images(base_dir, output_dir):
         shutil.copy(str(pdf_path), str(save_path))
 
 
-if __name__ == "__main__":
+def main(argv=None):
     parser = argparse.ArgumentParser(description="Stamp scores on exam copies.")
     parser.add_argument("dir", type=Path, help="Root directory containing 'A Rendre' folder")
-
+    args = parser.parse_args(argv)
-
-    args = parser.parse_args()
 
     base_dir = args.dir.expanduser().resolve()
     output_dir = OUTPUT_DIR / base_dir.name
     output_dir.mkdir(parents=True, exist_ok=True)
     process_images(base_dir, output_dir)
+    return 0
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())

copienator/commands/annotating.py

@@ -19,8 +19,8 @@ from matplotlib import pyplot as plt
 from pdf2image import convert_from_path
 from PIL import Image, ImageDraw, ImageFont
 
-import utils
+from copienator import utils
-from config import LATEX_ANOT_AFTER, LATEX_ANOT_BEFORE
+from copienator.configuration import LATEX_ANOT_AFTER, LATEX_ANOT_BEFORE
 from copienator import (
     EvaluationWorkspace,
     ExitCode,
@@ -31,7 +31,7 @@ from copienator import (
 )
 from copienator.annotation_data import load_annotation_data
 from copienator.filesystem import staged_directory
-from utils import natural_key
+from copienator.utils import natural_key
 
 MARGIN_LEFT = 300
 ANNOT_WIDTH = 600

copienator/commands/annotating_by_label.py

@@ -10,9 +10,9 @@ from typing import Any
 from PIL import Image, ImageDraw
 from reportlab.pdfgen import canvas
 
-import annotating
+from copienator.commands import annotating
-import annotating_with_checks
+from copienator.commands import annotating_with_checks
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -26,7 +26,7 @@ from copienator import (
 )
 from copienator.annotation_data import load_annotation_data
 from copienator.filesystem import staged_directory
-from utils import natural_key
+from copienator.utils import natural_key
 
 MAX_HEIGHT_PX = 25000
 
@@ -125,11 +125,80 @@ def _initial_label_groups(labels: list[str]) -> str:
     return "".join(",".join(items) + "\n" for items in groups.values())
 
 
+def _gemini_label_groups(
+    workspace: EvaluationWorkspace, labels: list[str]
+) -> list[list[str]] | None:
+    source = workspace.gemini_exam_items_file
+    if not source.is_file():
+        return None
+
+    groups: list[list[str]] = []
+    current: list[str] = []
+    try:
+        source_lines = source.read_text(encoding="utf-8").splitlines()
+    except (OSError, UnicodeError) as exc:
+        print(f"Warning: could not read Gemini question groups from {source}: {exc}")
+        return None
+    for raw_line in source_lines:
+        line = raw_line.strip()
+        if not line or line.startswith("#"):
+            continue
+        if line == "---":
+            if current:
+                groups.append(current)
+                current = []
+            continue
+        if " ### " not in line:
+            continue
+        label = line.split(" ### ", 1)[0].strip()
+        if label and label != "CONTEXT":
+            current.append(label)
+    if current:
+        groups.append(current)
+
+    flattened = [label for group in groups for label in group]
+    known = set(labels)
+    if (
+        not flattened
+        or len(flattened) != len(set(flattened))
+        or set(flattened) != known
+    ):
+        missing = sorted(known.difference(flattened), key=natural_key)
+        unknown = sorted(set(flattened).difference(known), key=natural_key)
+        details = []
+        if missing:
+            details.append("missing: " + ", ".join(missing))
+        if unknown:
+            details.append("unknown: " + ", ".join(unknown))
+        if len(flattened) != len(set(flattened)):
+            details.append("duplicate labels")
+        print(
+            f"Warning: ignoring incompatible Gemini question groups in {source}"
+            + (f" ({'; '.join(details)})" if details else "")
+        )
+        return None
+    return groups
+
+
+def _serialize_label_groups(groups: list[list[str]]) -> str:
+    return "".join(",".join(group) + "\n" for group in groups)
+
+
 def _load_label_groups(workspace: EvaluationWorkspace, labels: list[str]) -> list[list[str]]:
-    label_groups = workspace.root / "label_groups"
+    label_groups = workspace.label_groups_file
     if not label_groups.exists():
-        atomic_write_text(label_groups, _initial_label_groups(labels))
+        gemini_groups = _gemini_label_groups(workspace, labels)
-        print(f"Created {label_groups}; review the groups before continuing.")
+        if gemini_groups is not None:
+            initial_content = _serialize_label_groups(gemini_groups)
+            source_description = "the groups selected in gemini_for_enonce.py"
+        else:
+            initial_content = _initial_label_groups(labels)
+            source_description = "the label-prefix fallback"
+        atomic_write_text(label_groups, initial_content)
+        print(
+            f"Created {label_groups} from {source_description}; "
+            "review the groups before continuing."
+        )
         utils.edit_file_and_enter(label_groups)
     known_labels = set(labels)
     groups: list[list[str]] = []

copienator/commands/annotating_with_checks.py

@@ -14,8 +14,8 @@ matplotlib.use("Agg")
 from PIL import Image, ImageFont
 from reportlab.pdfgen import canvas
 
-import annotating
+from copienator.commands import annotating
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -28,7 +28,7 @@ from copienator import (
 )
 from copienator.annotation_data import load_annotation_data
 from copienator.filesystem import staged_directory
-from utils import natural_key
+from copienator.utils import natural_key
 
 BOX_SIZE = 30
 SCORE_BOX_SIZE = 40
@@ -328,3 +328,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/batch_status.py

@@ -6,7 +6,7 @@ from pathlib import Path
 
 from google import genai
 
-import config
+from copienator import configuration as config
 from copienator import (
     CliError,
     ExitCode,

copienator/commands/copies_tools.py

@@ -134,3 +134,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/correction.py

@@ -15,9 +15,9 @@ from pathlib import Path
 
 from google import genai
 
-import config
+from copienator import configuration as config
-import grouping
+from copienator.commands import grouping
-import prompting
+from copienator import prompting
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -29,7 +29,7 @@ from copienator import (
     target_parser,
     workspace_from_target,
 )
-from utils import enonce_total, read_all_labels
+from copienator.utils import enonce_total, read_all_labels
 
 NB_THREADS = 12
 
@@ -874,7 +874,7 @@ def run_configured(args: argparse.Namespace) -> ExitCode:
             + "\n",
         )
         print(f"\n[!] Unresolved delayed tasks found! Wrote to {manual_path}.")
-        print("    Please edit it manually, then run `python resolve_manual.py <InputDir>`")
+        print("    Please edit it manually, then run `python -m copienator resolve-manual <InputDir>`")
 
     end_time = time.time()
     print("Time elapsed : ", end_time - start_time)
@@ -884,7 +884,7 @@ def run_configured(args: argparse.Namespace) -> ExitCode:
         for (err, file) in errors_summary:
             print(err, file=sys.stderr)
             escaped_path = shlex.quote(str(file))
-            print(f"Run :    python correction.py {escaped_path}")
+            print(f"Run :    python -m copienator correct {escaped_path}")
     return ExitCode.PARTIAL if errors_summary else ExitCode.SUCCESS
 
 

copienator/commands/cutleft.py

@@ -341,3 +341,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/enonce_info.py

@@ -17,8 +17,8 @@ from copienator import (
     execute,
     workspace_from_args,
 )
-from platform_utils import WindowsLabelError, validate_windows_labels
+from copienator.platform import WindowsLabelError, validate_windows_labels
-from utils import compile_to_pdf
+from copienator.utils import compile_to_pdf
 
 
 def fetch_and_save_sub_text(ex_id, indices, label, text_path):
@@ -293,3 +293,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/export.py

@@ -3,7 +3,7 @@ import sys
 from collections.abc import Sequence
 from pathlib import Path
 
-from config import EXPORT_DIR
+from copienator.configuration import EXPORT_DIR
 from copienator import (
     EvaluationWorkspace,
     ExitCode,
@@ -11,7 +11,9 @@ from copienator import (
     execute,
     workspace_from_args,
 )
-from platform_utils import replace_with_link_or_copy
+from copienator.platform import replace_with_link_or_copy
+
+ANNOTATION_DIRECTORIES = ("BGnot", "Bnot", "Anot")
 
 
 def export_directory(
@@ -31,12 +33,22 @@ def export_directory(
 
     missing_outputs = 0
     for subdir in subdirs:
-        concat_file = subdir / "Concat.pdf"
+        concat_file = next(
-        if not concat_file.is_file():
+            (
-            print(f"Warning: file not found: {concat_file}", file=sys.stderr)
+                candidate
+                for candidate in (subdir / "Concat.pdf", subdir / "Concat.jpg")
+                if candidate.is_file()
+            ),
+            None,
+        )
+        if concat_file is None:
+            print(
+                f"Warning: no Concat.pdf or Concat.jpg found in {subdir}",
+                file=sys.stderr,
+            )
             missing_outputs += 1
             continue
-        destination = sync_dir / f"{subdir.name}.pdf"
+        destination = sync_dir / f"{subdir.name}{concat_file.suffix.lower()}"
         method = replace_with_link_or_copy(concat_file, destination, prefer="hardlink")
         print(f"Exported: {destination} ({method})")
     return ExitCode.PARTIAL if missing_outputs else ExitCode.SUCCESS
@@ -44,12 +56,24 @@ def export_directory(
 
 def build_parser() -> argparse.ArgumentParser:
     parser = evaluation_parser("Export annotated PDFs to the tablet directory.")
+    parser.add_argument(
+        "annotation_dir",
+        nargs="?",
+        choices=ANNOTATION_DIRECTORIES,
+        default="BGnot",
+        help="Annotation directory to export (default: BGnot)",
+    )
     parser.add_argument("--refaire", action="store_true", help="Process only copies/labels defined in refaire.json")
     return parser
 
 
-def run(workspace: EvaluationWorkspace, *, refaire: bool = False) -> ExitCode:
+def run(
-    return export_directory(workspace, "BRnot" if refaire else "BGnot")
+    workspace: EvaluationWorkspace,
+    *,
+    annotation_dir: str = "BGnot",
+    refaire: bool = False,
+) -> ExitCode:
+    return export_directory(workspace, "BRnot" if refaire else annotation_dir)
 
 
 def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
@@ -57,7 +81,11 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
     return execute(
         parser,
         argv,
-        lambda args: run(workspace_from_args(args), refaire=args.refaire),
+        lambda args: run(
+            workspace_from_args(args),
+            annotation_dir=args.annotation_dir,
+            refaire=args.refaire,
+        ),
     )
 
 

copienator/commands/fetch_batched_results.py

@@ -5,7 +5,7 @@ from collections.abc import Sequence
 
 from google import genai
 
-import config
+from copienator import configuration as config
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,

copienator/commands/gemini_for_enonce.py

@@ -10,8 +10,8 @@ from google import genai
 from google.genai import types
 from pydantic import BaseModel, Field
 
-import config
+from copienator import configuration as config
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -21,8 +21,8 @@ from copienator import (
     execute,
     workspace_from_args,
 )
-from platform_utils import validate_windows_labels
+from copienator.platform import validate_windows_labels
-from utils import compile_to_pdf
+from copienator.utils import compile_to_pdf
 
 
 def get_lcp(s1: str, s2: str) -> str:

copienator/commands/gemini_for_labels.py

@@ -13,7 +13,7 @@ from google import genai
 from google.genai import types
 from pydantic import BaseModel, Field
 
-import config
+from copienator import configuration as config
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -24,7 +24,7 @@ from copienator import (
     target_parser,
     workspace_from_target,
 )
-from utils import natural_key, read_all_labels
+from copienator.utils import natural_key, read_all_labels
 
 MODEL_ID = config.MODEL_FOR_LABEL_ID
 api_key = config.API_KEY
@@ -422,7 +422,7 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
     def handle(args: argparse.Namespace) -> ExitCode:
         workspace, target = workspace_from_target(
-            args, repository=Path(__file__).resolve().parent
+            args, repository=Path(__file__).resolve().parents[2]
         )
         targets = [target]
         for additional in args.additional_targets:

copienator/commands/giving_names.py

@@ -15,7 +15,7 @@ from copienator import (
     read_json,
     workspace_from_args,
 )
-from platform_utils import replace_with_link_or_copy, safe_filename
+from copienator.platform import replace_with_link_or_copy, safe_filename
 
 ANNOTATION_CHOICES = ("BGnot", "Bnot", "Anot")
 
@@ -163,3 +163,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/grouping.py

@@ -219,7 +219,7 @@ def create_jpg(identifier, group_index, group, root_dir):
 
     print(f"Saved {output_path} with {len(group)} ({os.path.getsize(output_path)/1024/1024:.2f} MB)")
 
-from utils import natural_key
+from copienator.utils import natural_key
 
 
 def process_identifier(identifier, files_info, output_dir):
@@ -275,3 +275,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/import_annotations.py

@@ -0,0 +1,95 @@
+import argparse
+import shutil
+import sys
+from collections.abc import Sequence
+from pathlib import Path
+
+from copienator.configuration import IMPORT_DIR
+from copienator import (
+    EvaluationWorkspace,
+    ExitCode,
+    evaluation_parser,
+    execute,
+    workspace_from_args,
+)
+
+ANNOTATION_DIRECTORIES = ("BGnot", "Bnot", "Anot")
+
+
+def sync_annotated(
+    workspace: EvaluationWorkspace,
+    *,
+    annotation_dir_name: str,
+    import_dir: Path,
+) -> ExitCode:
+    workspace.require_directories(annotation_dir_name)
+    annotation_dir = workspace.root / annotation_dir_name
+    annotated_dir = Path(import_dir).expanduser()
+    if not annotated_dir.is_dir():
+        print(f"Error: directory does not exist: {annotated_dir}", file=sys.stderr)
+        return ExitCode.INVALID_WORKSPACE
+
+    missing_targets = 0
+    annotated_files = sorted(
+        (
+            path
+            for path in annotated_dir.iterdir()
+            if path.is_file() and path.suffix.casefold() in {".pdf", ".jpg", ".jpeg"}
+        ),
+        key=lambda path: path.name.casefold(),
+    )
+    for annotated_file in annotated_files:
+        target_subdir = annotation_dir / annotated_file.stem
+
+        if not target_subdir.is_dir():
+            print(f"Warning: directory not found: {target_subdir}", file=sys.stderr)
+            missing_targets += 1
+        else:
+            suffix = annotated_file.suffix.lower()
+            dest_file = target_subdir / f"Concat_annotated{suffix}"
+            print(f"Copying {annotated_file} to {dest_file}")
+            shutil.copy2(annotated_file, dest_file)
+    return ExitCode.PARTIAL if missing_targets else ExitCode.SUCCESS
+
+
+def build_parser() -> argparse.ArgumentParser:
+    parser = evaluation_parser("Import handwritten annotations from the tablet directory.")
+    parser.add_argument(
+        "annotation_dir",
+        nargs="?",
+        choices=ANNOTATION_DIRECTORIES,
+        default="BGnot",
+        help="Annotation directory receiving imported PDFs (default: BGnot)",
+    )
+    parser.add_argument("--refaire", action="store_true", help="Process only copies/labels defined in refaire.json")
+    return parser
+
+
+def run(
+    workspace: EvaluationWorkspace,
+    *,
+    annotation_dir: str = "BGnot",
+    refaire: bool = False,
+) -> ExitCode:
+    return sync_annotated(
+        workspace,
+        annotation_dir_name="BRnot" if refaire else annotation_dir,
+        import_dir=Path(IMPORT_DIR),
+    )
+
+
+def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
+    parser = build_parser()
+    return execute(
+        parser,
+        argv,
+        lambda args: run(
+            workspace_from_args(args),
+            annotation_dir=args.annotation_dir,
+            refaire=args.refaire,
+        ),
+    )
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())

copienator/commands/missing_correction.py

@@ -0,0 +1,87 @@
+import json
+import sys
+import concurrent.futures
+from pathlib import Path
+from copienator.commands import correction
+
+def get_missing_tasks():
+    """
+    Identifies tasks (groups) where NONE of the student IDs in that group
+    appear in the existing results for that label in correction.json.
+    """
+    missing = []
+
+    # correction.results is already loaded from correction.json during 'from copienator.commands import correction'
+    # correction.tasks is populated with (filepath, label) during 'from copienator.commands import correction'
+
+    for task in correction.tasks:
+        file_path, label = task
+        # Find the group metadata file (Group_X.json) to know which IDs are inside
+        meta_path = Path(file_path).with_suffix('.json')
+
+        if not meta_path.exists():
+            print("Missing meta_path :", meta_path)
+            continue
+
+        with open(meta_path, 'r', encoding="utf-8") as f:
+            # group_data entries: [pid, ymin, ymax, width_ratio]
+            group_data = json.load(f)
+
+        pids_in_group = [str(item[0]) for item in group_data]
+
+        # Check correction.json results for this specific label
+        label_results = correction.results.get(label, [])
+
+        # Collect all student IDs that have already been processed for this label
+        covered_ids = set()
+        for result_list in label_results:
+            for entry in result_list:
+                covered_ids.add(str(entry.get('id')))
+
+        # Logic: Only process if EVERY ID in this group is missing from correction.json
+        if all(pid not in covered_ids for pid in pids_in_group):
+            missing.append(task)
+
+    return missing
+
+def main(argv=None):
+    if argv:
+        print("missing-correction does not accept command-line arguments.", file=sys.stderr)
+        return 2
+    missing_tasks = get_missing_tasks()
+    print("\n Total nb of tasks : ", len(correction.tasks))
+
+    if not missing_tasks:
+        print("All groups are already present in correction.json. Nothing to do.")
+        return
+
+    print("\nThe following groups are missing from correction.json:")
+    for path, label in missing_tasks:
+        print(f" - [{label}] {path}")
+
+    confirm = input(f"\nFound {len(missing_tasks)} missing groups. Start processing? (y/N): ")
+    if confirm.lower() != 'y':
+        print("Aborted.")
+        return
+
+    print(f"Processing {len(missing_tasks)} tasks with {correction.NB_THREADS} threads...")
+
+    with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers=correction.NB_THREADS) as executor:
+        # Map tasks to the processing function defined in correction.py
+        futures = {executor.submit(correction.process_single_task, t): t for t in missing_tasks}
+
+        for future in concurrent.futures.as_completed(futures):
+            try:
+                # Handle potential sub-tasks (like label errors) generated during processing
+                new_generated_tasks = future.result()
+                if new_generated_tasks:
+                    for nt in new_generated_tasks:
+                        executor.submit(correction.process_single_task, nt)
+            except Exception as e:
+                t = futures[future]
+                print(f"Error processing {t[0]}: {e}")
+
+    print("\nProcessing complete.")
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())

copienator/commands/page_splitter.py

@@ -16,7 +16,7 @@ import fitz  # PyMuPDF
 from PIL import Image, ImageDraw, ImageTk
 from pypdf import PdfReader, PdfWriter
 
-from config import PAGE_SPLITTER_KB
+from copienator.configuration import PAGE_SPLITTER_KB
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -25,7 +25,7 @@ from copienator import (
     target_parser,
     workspace_from_target,
 )
-from platform_utils import launch_pdf_arranger
+from copienator.platform import launch_pdf_arranger
 
 # --- Constants ---
 # Conversion factor: 1 cm to points (1 inch = 2.54 cm, 72 points = 1 inch)

copienator/commands/plotting.py

@@ -19,8 +19,8 @@ from copienator import (
     target_parser,
     workspace_from_target,
 )
-from platform_utils import open_path
+from copienator.platform import open_path
-from utils import natural_key, read_all_labels
+from copienator.utils import natural_key, read_all_labels
 
 # --- Configuration & Globals ---
 padding = 60
@@ -472,3 +472,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/post_correction.py

@@ -16,7 +16,7 @@ from copienator import (
     workspace_from_args,
 )
 
-WORD_LIST_FILE = Path(__file__).with_name("liste_francais.txt")
+WORD_LIST_FILE = Path(__file__).resolve().parents[1] / "data" / "liste_francais.txt"
 ACCENT_PATTERN = re.compile(r"[éèêëàâäîïôöùûüçœÉÈÊËÀÂÄÎÏÔÖÙÛÜÇŒ]")
 
 

copienator/commands/reading_annotations.py

@@ -9,8 +9,8 @@ import numpy as np
 from pdf2image import convert_from_path
 from PIL import Image, ImageChops, ImageDraw, ImageFilter
 
-import annotating
+from copienator.commands import annotating
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     EvaluationWorkspace,
     ExitCode,
@@ -284,3 +284,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/reading_grouped_annotations.py

@@ -9,8 +9,8 @@ from typing import Any
 
 from PIL import Image, ImageDraw
 
-import annotating
+from copienator.commands import annotating
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     EvaluationWorkspace,
     ExitCode,
@@ -23,7 +23,7 @@ from copienator import (
 from copienator.annotation_actions import apply_checkbox_actions, apply_score_overrides
 from copienator.annotation_data import AnnotationData, RefaireList, load_annotation_data
 from copienator.filesystem import staged_files
-from reading_annotations import (
+from copienator.commands.reading_annotations import (
     concatenate,
     detect_checks_and_notes,
     has_significant_notes,
@@ -398,3 +398,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/resolve_manual.py

@@ -259,7 +259,7 @@ def resolve_manual(workspace: EvaluationWorkspace) -> ExitCode:
     if refaire_tasks:
         print(
             f"File {workspace.refaire_file.name} generated. Run "
-            f'`python correction.py "{workspace.command_argument()}" --refaire` '
+            f'`python -m copienator correct "{workspace.command_argument()}" --refaire` '
             "to process updates."
         )
     else:

copienator/commands/splitting_int.py

@@ -10,7 +10,7 @@ from pathlib import Path
 import fitz
 from pypdf import PdfReader, PdfWriter
 
-import utils
+from copienator import utils
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,
@@ -264,3 +264,4 @@ def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
 
 if __name__ == "__main__":
     raise SystemExit(main())
+

copienator/commands/submit_batches.py

@@ -6,7 +6,7 @@ from collections.abc import Sequence
 from google import genai
 from google.genai import types
 
-import config
+from copienator import configuration as config
 from copienator import (
     CliError,
     EvaluationWorkspace,

copienator/commands/update_ods.py

@@ -6,18 +6,18 @@ from pathlib import Path
 
 import ezodf
 
-from config import CURRENT_SCORE_ODS_PATH
+from copienator.configuration import CURRENT_SCORE_ODS_PATH
-from utils import read_all_labels
+from copienator.utils import read_all_labels
 
 # Configuration
 ODS_PATH = Path(CURRENT_SCORE_ODS_PATH).expanduser()
 TARGET_DIR_NAME = "A Rendre"
 
-def main():
+def main(argv=None):
     parser = argparse.ArgumentParser(description="Update ODS with student scores.")
     parser.add_argument("work_dir", nargs="?", default=os.getcwd(), help="Directory to process")
     parser.add_argument("--sum", action="store_true", help="Write only the total sum per student")
-    args = parser.parse_args()
+    args = parser.parse_args(argv)
 
     work_dir = os.path.abspath(args.work_dir)
     
@@ -169,4 +169,4 @@ def main():
     print("Done.")
 
 if __name__ == "__main__":
-    main()
+    raise SystemExit(main())

copienator/commands/verify_groups.py

@@ -0,0 +1,82 @@
+from __future__ import annotations
+
+import argparse
+import re
+import sys
+from collections.abc import Sequence
+from pathlib import Path
+
+from copienator import (
+    EvaluationWorkspace,
+    ExitCode,
+    evaluation_parser,
+    execute,
+    read_json,
+    workspace_from_args,
+)
+
+COPY_PATTERN = re.compile(r"Copie(\d+)")
+
+
+def build_parser() -> argparse.ArgumentParser:
+    return evaluation_parser("Verify that every answer PDF appears in group metadata.")
+
+
+def collect_source_pdfs(copies_dir: Path) -> set[tuple[str, str]]:
+    source_pdfs: set[tuple[str, str]] = set()
+    for copy_dir in copies_dir.iterdir():
+        match = COPY_PATTERN.fullmatch(copy_dir.name)
+        if not match or not copy_dir.is_dir():
+            continue
+        copy_id = match.group(1)
+        for pdf_path in copy_dir.glob("*.pdf"):
+            source_pdfs.add((pdf_path.stem, copy_id))
+    return source_pdfs
+
+
+def collect_grouped_pdfs(groups_dir: Path) -> tuple[set[tuple[str, str]], int]:
+    grouped: set[tuple[str, str]] = set()
+    read_errors = 0
+    for json_path in groups_dir.glob("*/Group_*.json"):
+        try:
+            data = read_json(json_path)
+            if not isinstance(data, list):
+                raise TypeError("expected a JSON array")
+            for entry in data:
+                grouped.add((str(entry[4]), str(entry[0])))
+        except (IndexError, OSError, TypeError, ValueError) as exc:
+            print(f"Error reading {json_path}: {exc}", file=sys.stderr)
+            read_errors += 1
+    return grouped, read_errors
+
+
+def verify_groups(workspace: EvaluationWorkspace) -> ExitCode:
+    workspace.require_directories("Copies", "Par label")
+    source_pdfs = collect_source_pdfs(workspace.copies_dir)
+    grouped_pdfs, read_errors = collect_grouped_pdfs(workspace.groups_dir)
+    missing = source_pdfs - grouped_pdfs
+
+    if missing:
+        print(f"Verification failed: {len(missing)} files missing from groups:")
+        for label, copy_id in sorted(missing):
+            print(f"Copie{copy_id}/{label}.pdf")
+        return ExitCode.FAILURE
+    if read_errors:
+        print("Verification incomplete because some metadata could not be read.")
+        return ExitCode.PARTIAL
+    print("Verification successful: all files accounted for.")
+    return ExitCode.SUCCESS
+
+
+def run(workspace: EvaluationWorkspace) -> ExitCode:
+    return verify_groups(workspace)
+
+
+def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
+    parser = build_parser()
+    return execute(parser, argv, lambda args: run(workspace_from_args(args)))
+
+
+if __name__ == "__main__":
+    raise SystemExit(main())
+

copienator/configuration.py

@@ -0,0 +1,36 @@
+from __future__ import annotations
+
+import importlib.util
+import os
+from pathlib import Path
+from types import ModuleType
+
+
+def _user_config_path() -> Path | None:
+    explicit = os.environ.get("COPIENATOR_CONFIG", "").strip()
+    if explicit:
+        return Path(explicit).expanduser().resolve()
+    local = Path.cwd() / "config.py"
+    return local.resolve() if local.is_file() else None
+
+
+def _load_user_config(path: Path) -> ModuleType:
+    if not path.is_file():
+        raise FileNotFoundError(f"Copienator configuration not found: {path}")
+    spec = importlib.util.spec_from_file_location("_copienator_user_config", path)
+    if spec is None or spec.loader is None:
+        raise ImportError(f"Could not load Copienator configuration: {path}")
+    module = importlib.util.module_from_spec(spec)
+    spec.loader.exec_module(module)
+    return module
+
+
+CONFIG_PATH = _user_config_path()
+if CONFIG_PATH is None:
+    import default_config as _configuration
+else:
+    _configuration = _load_user_config(CONFIG_PATH)
+
+for _name in dir(_configuration):
+    if not _name.startswith("_"):
+        globals()[_name] = getattr(_configuration, _name)

copienator/dispatcher.py

@@ -0,0 +1,76 @@
+from __future__ import annotations
+
+import importlib
+import sys
+from collections.abc import Sequence
+from dataclasses import dataclass
+
+
+@dataclass(frozen=True, slots=True)
+class Command:
+    module: str
+    description: str
+
+
+COMMANDS: dict[str, Command] = {
+    "statement": Command("gemini_for_enonce", "Analyse the exam statement with Gemini"),
+    "statement-personal": Command("enonce_info", "Generate personal statement metadata"),
+    "copies": Command("copies_tools", "Rotate or rename scanned copies"),
+    "page-split": Command("page_splitter", "Split and reorder scanned PDF pages"),
+    "crop-labels": Command("cutleft", "Crop the label margin from copies"),
+    "labels": Command("gemini_for_labels", "Detect question labels with Gemini"),
+    "review-labels": Command("plotting", "Review detected labels interactively"),
+    "split-answers": Command("splitting_int", "Split copies into answers"),
+    "group-answers": Command("grouping", "Group answers by question"),
+    "verify-groups": Command("verify_groups", "Verify grouped answer metadata"),
+    "correct": Command("correction", "Generate or integrate corrections"),
+    "batch-submit": Command("submit_batches", "Submit Gemini batch jobs"),
+    "batch-status": Command("batch_status", "Inspect Gemini batch jobs"),
+    "batch-fetch": Command("fetch_batched_results", "Fetch Gemini batch results"),
+    "post-correction": Command("post_correction", "Clean generated correction text"),
+    "resolve-manual": Command("resolve_manual", "Resolve manual label conflicts"),
+    "annotate-simple": Command("annotating", "Generate simple annotations"),
+    "annotate-checks": Command("annotating_with_checks", "Generate checkable annotations"),
+    "annotate-grouped": Command("annotating_by_label", "Generate grouped annotations"),
+    "export": Command("export", "Export annotations"),
+    "import": Command("import_annotations", "Import handwritten annotations"),
+    "read-annotations": Command("reading_annotations", "Read checkable annotations"),
+    "read-grouped": Command("reading_grouped_annotations", "Read grouped annotations"),
+    "giving-names": Command("giving_names", "Name copies and prepare A Rendre"),
+    "update-ods": Command("update_ods", "Update the configured score spreadsheet"),
+    "add-final-score": Command("add_final_score", "Stamp final scores on copies"),
+    "gui": Command("@gui", "Launch the graphical workflow assistant"),
+}
+
+
+def _print_help() -> None:
+    print("Usage: copienator COMMAND [ARGUMENTS]")
+    print("       python -m copienator COMMAND [ARGUMENTS]")
+    print("\nCommands:")
+    width = max(len(name) for name in COMMANDS)
+    for name, command in COMMANDS.items():
+        print(f"  {name:<{width}}  {command.description}")
+    print("\nUse 'copienator COMMAND --help' for command-specific help.")
+
+
+def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
+    arguments = list(sys.argv[1:] if argv is None else argv)
+    if not arguments or arguments[0] in {"-h", "--help"}:
+        _print_help()
+        return 0
+
+    command_name = arguments.pop(0)
+    command = COMMANDS.get(command_name)
+    if command is None:
+        print(f"Unknown command: {command_name}", file=sys.stderr)
+        print("Use 'copienator --help' to list commands.", file=sys.stderr)
+        return 2
+
+    module_name = (
+        "copienator_gui.__main__"
+        if command.module == "@gui"
+        else f"copienator.commands.{command.module}"
+    )
+    module = importlib.import_module(module_name)
+    result = module.main(arguments)
+    return int(result or 0)

copienator/platform.py

@@ -118,3 +118,4 @@ def replace_with_link_or_copy(
 
     shutil.copy2(source_path, destination_path)
     return "copy"
+

copienator/prompting.py

@@ -1,6 +1,6 @@
 from pathlib import Path
 import io
-import utils
+from . import utils
 
 main_prompt = """I'm giving you an image of several written answers to an exam.
 
@@ -86,7 +86,7 @@ Here is a possible correct answer :
 You are asked to score the question or exercice labeled `<<label>>`,
 do not score or give feedback to any other question."""
 
-from utils import get_label_text_content, get_label_sol_content, get_label_persp_content
+from .utils import get_label_text_content, get_label_sol_content, get_label_persp_content
 
 def make_prompt(input_dir,full_label):
     text = get_label_text_content(input_dir, full_label) or ""
@@ -298,3 +298,4 @@ Here is a list of all possible labels. You need to answer with a list one of the
     ])]
     config = types.GenerateContentConfig(temperature=1.0, response_mime_type="application/json")
     return contents, config
+

copienator/utils.py

@@ -2,7 +2,7 @@ import re
 from pathlib import Path
 
 from copienator import EvaluationWorkspace
-from platform_utils import validate_windows_labels
+from .platform import validate_windows_labels
 
 def natural_key(text):
     return [int(c) if c.isdigit() else c.lower() for c in re.split(r'(\d+)', str(text))]
@@ -30,7 +30,7 @@ def enonce_total(base_dir):
 import os
 import shlex
 
-from platform_utils import open_path
+from .platform import open_path
 
 def edit_file_and_enter(file):
     editor = os.environ.get("EDITOR")
@@ -139,7 +139,7 @@ import tempfile
 import shutil
 import subprocess
 
-from config import LATEX_AFTER, LATEX_BEFORE
+from .configuration import LATEX_AFTER, LATEX_BEFORE
 
 
 def compile_to_pdf(text, output_pdf_path):

copienator/workspace.py

@@ -93,6 +93,14 @@ class EvaluationWorkspace:
     def labels_file(self) -> Path:
         return self.root / "labels"
 
+    @property
+    def label_groups_file(self) -> Path:
+        return self.root / "label_groups"
+
+    @property
+    def gemini_exam_items_file(self) -> Path:
+        return self.root / "Tmp" / "exam_items.txt"
+
     @property
     def correction_file(self) -> Path:
         return self.root / "correction.json"

copienator_gui/__main__.py

@@ -8,25 +8,23 @@ from copienator_gui.app import CopienatorApp
 
 def personal_steps_enabled() -> bool:
     try:
-        from config import SHOW_PERSONAL_STEPS
+        from copienator.configuration import SHOW_PERSONAL_STEPS
     except (ImportError, AttributeError):
-        try:
+        return False
-            from default_config import SHOW_PERSONAL_STEPS
-        except (ImportError, AttributeError):
-            return False
     return bool(SHOW_PERSONAL_STEPS)
 
 
-def main() -> None:
+def main(argv=None) -> int:
     parser = argparse.ArgumentParser(description="Interface graphique du workflow Copienator")
     parser.add_argument("evaluation", nargs="?", type=Path, help="Dossier d’évaluation à ouvrir")
-    args = parser.parse_args()
+    args = parser.parse_args(argv)
 
-    repository = Path(__file__).resolve().parent
+    repository = Path.cwd().resolve()
     evaluation = args.evaluation.resolve() if args.evaluation else None
     app = CopienatorApp(repository, personal_steps_enabled(), evaluation)
     app.mainloop()
+    return 0
 
 
 if __name__ == "__main__":
-    main()
+    raise SystemExit(main())

copienator_gui/app.py

@@ -8,7 +8,7 @@ from tkinter import filedialog, messagebox, ttk
 from typing import Any
 
 from copienator import ExitCode
-from platform_utils import WindowsLabelError, validate_windows_labels
+from copienator.platform import WindowsLabelError, open_path, validate_windows_labels
 
 from .diagnostics import collect_diagnostics
 from .runner import ProcessRunner
@@ -35,6 +35,77 @@ STATUS_LABELS = {
     "detected": "Détectée",
 }
 
+DEFAULT_HTTPS_PROXY = "http://10.0.0.1:3128"
+ANNOTATION_DIRECTORIES = ("BGnot", "Bnot", "Anot")
+ANNOTATION_VARIANT_DIRECTORIES = {
+    "simple": "Anot",
+    "checks": "Bnot",
+    "grouped": "BGnot",
+}
+
+
+def copy_pdf_paths(evaluation: Path) -> list[Path]:
+    """List the most relevant version of each scanned copy."""
+    locations = (evaluation / "Copies", evaluation, evaluation / "Copies Originales")
+    for location in locations:
+        if not location.is_dir():
+            continue
+        copies = sorted(
+            (
+                path
+                for path in location.glob("*.pdf")
+                if path.name.casefold() not in {"enonce.pdf", "énoncé.pdf"}
+            ),
+            key=lambda path: path.name.casefold(),
+        )
+        if copies:
+            return copies
+    return []
+
+
+def detected_annotation_directories(evaluation: Path) -> tuple[str, ...]:
+    return tuple(
+        name for name in ANNOTATION_DIRECTORIES if (evaluation / name).is_dir()
+    )
+
+
+def plotting_shortcut_lines() -> list[str]:
+    try:
+        from copienator.configuration import PLOTTING_KB
+    except (ImportError, AttributeError):
+        from default_config import PLOTTING_KB
+
+    labels = (
+        ("OK", "valider et passer à la suivante"),
+        ("previous", "revenir à la précédente"),
+        ("edit", "éditer le fichier JSON"),
+        ("open pdf", "ouvrir la copie traitée"),
+        ("open original pdf", "ouvrir la copie originale"),
+        ("open eval", "ouvrir l’énoncé"),
+    )
+    display_names = {"<Return>": "Entrée", "<Escape>": "Échap"}
+    lines = [
+        f"{display_names.get(PLOTTING_KB[action], PLOTTING_KB[action])} : {description}"
+        for action, description in labels
+    ]
+    lines.append("Échap : fermer la fenêtre")
+    return lines
+
+
+def build_runner_environment(
+    base: dict[str, str], api_key: str, proxy: str, use_proxy: bool
+) -> dict[str, str]:
+    environment = dict(base)
+    environment["PYTHONUNBUFFERED"] = "1"
+    environment["PYTHONIOENCODING"] = "utf-8"
+    if api_key.strip():
+        environment["GEMINI_API_KEY"] = api_key.strip()
+    environment.pop("HTTPS_PROXY", None)
+    environment.pop("https_proxy", None)
+    if use_proxy and proxy.strip():
+        environment["HTTPS_PROXY"] = proxy.strip()
+    return environment
+
 
 def process_status(return_code: int, interrupted: bool = False) -> str:
     if interrupted or return_code == ExitCode.INTERRUPTED:
@@ -46,6 +117,19 @@ def process_status(return_code: int, interrupted: bool = False) -> str:
     return "failed"
 
 
+def has_manual_conflicts(path: Path) -> bool:
+    """Return whether a manual-resolution file contains an instruction."""
+    try:
+        lines = path.read_text(encoding="utf-8").splitlines()
+    except FileNotFoundError:
+        return False
+    except (OSError, UnicodeError):
+        # If the file cannot be inspected, keep the step visible rather than
+        # silently claiming that there is nothing to resolve.
+        return True
+    return any(line.strip() and not line.lstrip().startswith("###") for line in lines)
+
+
 class CopienatorApp(tk.Tk):
     def __init__(
         self,
@@ -63,6 +147,7 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
         self.active_step_id: str | None = None
         self.current_step: StepDefinition | None = None
         self.arg_vars: dict[str, tk.Variable] = {}
+        self.copy_paths: dict[str, Path] = {}
         self._rendering = False
 
         self.title("Copienator — assistant de correction")
@@ -72,7 +157,9 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
 
         self.evaluation_var = tk.StringVar()
         self.api_key_var = tk.StringVar(value=os.environ.get("GEMINI_API_KEY", ""))
-        self.proxy_var = tk.StringVar(value=os.environ.get("HTTPS_PROXY", ""))
+        self.proxy_var = tk.StringVar(value=DEFAULT_HTTPS_PROXY)
+        self.use_proxy_var = tk.BooleanVar(value=False)
+        self.copy_var = tk.StringVar()
         self.variant_var = tk.StringVar()
         self.extra_var = tk.StringVar()
         self.command_var = tk.StringVar(value="Sélectionnez une étape.")
@@ -100,13 +187,17 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
 
         top = ttk.Frame(self, padding=(10, 8))
         top.grid(row=0, column=0, sticky="ew")
-        top.columnconfigure(1, weight=1)
+        top.columnconfigure(2, weight=1)
-        ttk.Label(top, text="Évaluation").grid(row=0, column=0, sticky="w", padx=(0, 8))
+        ttk.Button(top, text="Charger", command=self._load_evaluation).grid(
+            row=0, column=0, padx=(0, 8)
+        )
+        ttk.Label(top, text="Évaluation").grid(row=0, column=1, sticky="w", padx=(0, 8))
         path_entry = ttk.Entry(top, textvariable=self.evaluation_var)
-        path_entry.grid(row=0, column=1, sticky="ew")
+        path_entry.grid(row=0, column=2, sticky="ew")
         path_entry.bind("<Return>", lambda _event: self._load_evaluation())
-        ttk.Button(top, text="Parcourir…", command=self._browse_evaluation).grid(row=0, column=2, padx=6)
+        ttk.Button(top, text="Parcourir…", command=self._browse_evaluation).grid(
-        ttk.Button(top, text="Charger", command=self._load_evaluation).grid(row=0, column=3)
+            row=0, column=3, padx=6
+        )
         ttk.Button(top, text="Diagnostic…", command=self._show_diagnostics).grid(row=0, column=4, padx=(6, 0))
 
         ttk.Label(top, text="Clé Gemini").grid(row=1, column=0, sticky="w", padx=(0, 8), pady=(7, 0))
@@ -114,9 +205,15 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             row=1, column=1, sticky="w", pady=(7, 0)
         )
         environment = ttk.Frame(top)
-        environment.grid(row=1, column=2, columnspan=2, sticky="e", pady=(7, 0))
+        environment.grid(row=1, column=2, columnspan=3, sticky="e", pady=(7, 0))
-        ttk.Label(environment, text="HTTPS_PROXY").pack(side="left", padx=(0, 6))
+        ttk.Checkbutton(
-        ttk.Entry(environment, textvariable=self.proxy_var, width=28).pack(side="left")
+            environment,
+            text="Utiliser le proxy HTTPS",
+            variable=self.use_proxy_var,
+            command=self._toggle_proxy,
+        ).pack(side="left", padx=(0, 6))
+        self.proxy_entry = ttk.Entry(environment, textvariable=self.proxy_var, width=28, state="disabled")
+        self.proxy_entry.pack(side="left")
         profile = "standard + personnel" if show_personal_steps else "standard"
         ttk.Label(environment, text=f"Profil : {profile}").pack(side="left", padx=(12, 0))
 
@@ -256,6 +353,9 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             self.evaluation_var.set(selected)
             self._load_evaluation()
 
+    def _toggle_proxy(self) -> None:
+        self.proxy_entry.configure(state="normal" if self.use_proxy_var.get() else "disabled")
+
     def _load_evaluation(self) -> None:
         evaluation = self.evaluation
         if not evaluation or not evaluation.is_dir():
@@ -354,6 +454,54 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             self._save_current_form()
         self.current_step = step
         self._render_step()
+        self._handle_first_visit(step)
+
+    def _handle_first_visit(self, step: StepDefinition) -> None:
+        if not self.state_store.evaluation:
+            return
+        entry = self.state_store.step(step.id)
+        if entry.get("visited"):
+            return
+
+        # Persist this before scheduling an action so selection callbacks cannot
+        # trigger the same automatic behavior twice.
+        self.state_store.update_step(step.id, visited=True)
+
+        if step.skip_for_live_correction:
+            correction = self.state_store.step("correction")
+            if correction.get("variant", "live") == "live":
+                self.after_idle(
+                    lambda step_id=step.id: self._automatic_skip(
+                        step_id, "correction immédiate sélectionnée"
+                    )
+                )
+                return
+
+        if step.skip_without_manual_conflicts:
+            evaluation = self.evaluation
+            conflicts = evaluation / "manual_resolutions.txt" if evaluation else None
+            if conflicts is None or not has_manual_conflicts(conflicts):
+                self.after_idle(
+                    lambda step_id=step.id: self._automatic_skip(
+                        step_id, "aucun conflit manuel détecté"
+                    )
+                )
+                return
+
+        if step.auto_start_first_visit and not entry.get("status") and not self._artifacts_exist(step):
+            self.after_idle(lambda step_id=step.id: self._automatic_start(step_id))
+
+    def _automatic_start(self, step_id: str) -> None:
+        if self.runner.running or not self.current_step or self.current_step.id != step_id:
+            return
+        self.info_var.set(f"{self.current_step.title} : démarrage automatique.")
+        self._run_current_step()
+
+    def _automatic_skip(self, step_id: str, reason: str) -> None:
+        if self.runner.running or not self.current_step or self.current_step.id != step_id:
+            return
+        self._mark_step("skipped", automatic=True, reason=reason)
+        self._move_selection_from(step_id, 1)
 
     def _render_step(self) -> None:
         step = self.current_step
@@ -376,7 +524,7 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             description += "\nPrérequis non détectés : " + ", ".join(missing)
         self.description_label.configure(text=description)
 
-        row = 0
+        row = self._render_context_controls(step, 0)
         if len(step.variants) > 1:
             ttk.Label(self.form, text="Mode").grid(row=row, column=0, sticky="w", pady=4, padx=(0, 8))
             labels = [variant.label for variant in step.variants]
@@ -394,6 +542,9 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             if spec.variants and variant.id not in spec.variants:
                 continue
             value = values.get(spec.name, value_for_default(spec.default, evaluation_arg))
+            choices = spec.choices
+            if spec.name == "annotation_dir" and step.id in {"export", "import"}:
+                choices, value = self._annotation_directory_choices(step.id)
             ttk.Label(self.form, text=spec.label).grid(row=row, column=0, sticky="nw", pady=4, padx=(0, 8))
             if spec.kind == "bool":
                 variable: tk.Variable = tk.BooleanVar(value=bool(value))
@@ -401,7 +552,7 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
                 widget.grid(row=row, column=1, sticky="w", pady=4)
             elif spec.kind == "choice":
                 variable = tk.StringVar(value=str(value))
-                widget = ttk.Combobox(self.form, textvariable=variable, values=spec.choices, state="readonly")
+                widget = ttk.Combobox(self.form, textvariable=variable, values=choices, state="readonly")
                 widget.grid(row=row, column=1, sticky="ew", pady=4)
             else:
                 variable = tk.StringVar(value=str(value))
@@ -438,6 +589,93 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
         self._update_command_preview()
         self._update_controls()
 
+    def _render_context_controls(self, step: StepDefinition, row: int) -> int:
+        if step.id == "review_persp":
+            ttk.Button(
+                self.form,
+                text="Ouvrir le dossier Persp",
+                command=self._open_persp,
+            ).grid(row=row, column=0, columnspan=2, sticky="w", pady=(0, 8))
+            row += 1
+
+        if step.section == "Prétraitement des copies":
+            evaluation = self.evaluation
+            paths = copy_pdf_paths(evaluation) if evaluation else []
+            self.copy_paths = {path.name: path for path in paths}
+            names = list(self.copy_paths)
+            copies = ttk.LabelFrame(self.form, text="Copies détectées", padding=7)
+            copies.grid(row=row, column=0, columnspan=2, sticky="ew", pady=(0, 8))
+            copies.columnconfigure(0, weight=1)
+            summary = (
+                f"{len(names)} copie(s) : {', '.join(names)}"
+                if names
+                else "Aucune copie PDF détectée."
+            )
+            ttk.Label(copies, text=summary, wraplength=570, justify="left").grid(
+                row=0, column=0, columnspan=2, sticky="ew"
+            )
+            self.copy_var.set(names[0] if names else "")
+            selector = ttk.Combobox(
+                copies,
+                textvariable=self.copy_var,
+                values=names,
+                state="readonly" if names else "disabled",
+            )
+            selector.grid(row=1, column=0, sticky="ew", pady=(7, 0))
+            ttk.Button(
+                copies,
+                text="Afficher la copie",
+                command=self._open_selected_copy,
+                state="normal" if names else "disabled",
+            ).grid(row=1, column=1, padx=(6, 0), pady=(7, 0))
+            row += 1
+
+        if step.id == "plotting":
+            shortcuts = ttk.LabelFrame(self.form, text="Raccourcis clavier", padding=7)
+            shortcuts.grid(row=row, column=0, columnspan=2, sticky="ew", pady=(0, 8))
+            ttk.Label(
+                shortcuts,
+                text="\n".join(plotting_shortcut_lines()),
+                justify="left",
+            ).grid(row=0, column=0, sticky="w")
+            row += 1
+        return row
+
+    def _annotation_directory_choices(self, step_id: str) -> tuple[tuple[str, ...], str]:
+        evaluation = self.evaluation
+        detected = detected_annotation_directories(evaluation) if evaluation else ()
+        choices = detected or ANNOTATION_DIRECTORIES
+
+        if step_id == "export":
+            annotation = self.state_store.step("annotation")
+            variant = annotation.get("last_run_variant", annotation.get("variant", "grouped"))
+            preferred = ANNOTATION_VARIANT_DIRECTORIES.get(str(variant), "BGnot")
+        else:
+            export = self.state_store.step("export")
+            last_values = export.get("last_run_values", export.get("values", {}))
+            preferred = (
+                str(last_values.get("annotation_dir", "BGnot"))
+                if isinstance(last_values, dict)
+                else "BGnot"
+            )
+        return choices, preferred if preferred in choices else choices[0]
+
+    def _open_persp(self) -> None:
+        evaluation = self.evaluation
+        self._open_desktop_path(evaluation / "Persp" if evaluation else None, "dossier Persp")
+
+    def _open_selected_copy(self) -> None:
+        self._open_desktop_path(self.copy_paths.get(self.copy_var.get()), "copie")
+
+    def _open_desktop_path(self, path: Path | None, label: str) -> None:
+        if path is None or not path.exists():
+            messagebox.showerror("Élément introuvable", f"Le {label} n’existe pas encore.")
+            return
+        try:
+            open_path(path)
+        except (OSError, RuntimeError) as exc:
+            messagebox.showerror("Ouverture impossible", str(exc))
+
     def _select_variant(self, index: int) -> None:
         if not self.current_step or index < 0:
             return
@@ -571,21 +809,27 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
             return
 
         self._save_current_form()
+        run_values = self._values()
         ordered_ids = [item.id for item in self.steps]
         self.state_store.invalidate_after(ordered_ids, step.id)
-        self.state_store.update_step(step.id, status="running", command=command_display(command))
+        self.state_store.update_step(
+            step.id,
+            status="running",
+            command=command_display(command),
+            last_run_variant=variant.id,
+            last_run_values=run_values,
+        )
         self.active_step_id = step.id
         workspace = self.state_store.workspace
         assert workspace is not None
         log_path = workspace.log_path(step.id)
 
-        environment = os.environ.copy()
+        environment = build_runner_environment(
-        environment["PYTHONUNBUFFERED"] = "1"
+            os.environ,
-        environment["PYTHONIOENCODING"] = "utf-8"
+            self.api_key_var.get(),
-        if self.api_key_var.get().strip():
+            self.proxy_var.get(),
-            environment["GEMINI_API_KEY"] = self.api_key_var.get().strip()
+            self.use_proxy_var.get(),
-        if self.proxy_var.get().strip():
+        )
-            environment["HTTPS_PROXY"] = self.proxy_var.get().strip()
 
         self._append_console(f"\n$ {command_display(command)}\n")
         try:
@@ -601,15 +845,27 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
         self._populate_tree()
         self._update_controls()
 
-    def _mark_step(self, status: str) -> None:
+    def _mark_step(
+        self, status: str, *, automatic: bool = False, reason: str | None = None
+    ) -> None:
         if not self.current_step or not self.state_store.evaluation:
             return
         self._save_current_form()
         self.state_store.invalidate_after([item.id for item in self.steps], self.current_step.id)
         self.state_store.update_step(self.current_step.id, status=status)
-        self.state_store.add_history({"step": self.current_step.id, "status": status, "manual": True})
+        history: dict[str, object] = {
+            "step": self.current_step.id,
+            "status": status,
+            "manual": not automatic,
+        }
+        if reason:
+            history["reason"] = reason
+        self.state_store.add_history(history)
         self._populate_tree()
-        self.info_var.set(f"{self.current_step.title} : {STATUS_LABELS.get(status, status).lower()}.")
+        detail = f" ({reason})" if reason else ""
+        self.info_var.set(
+            f"{self.current_step.title} : {STATUS_LABELS.get(status, status).lower()}{detail}."
+        )
 
     def _skip_step(self) -> None:
         if self.current_step and self.current_step.optional:
@@ -652,6 +908,8 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
         self.active_step_id = None
         self._populate_tree()
         self._update_controls()
+        if status == "success":
+            self.after_idle(lambda completed_id=step_id: self._move_selection_from(completed_id, 1))
 
     def _send_input(self) -> None:
         text = self.stdin_var.get()
@@ -703,12 +961,17 @@ class CopienatorApp(tk.Tk):
     def _move_selection(self, delta: int) -> None:
         if not self.current_step:
             return
+        self._move_selection_from(self.current_step.id, delta)
+
+    def _move_selection_from(self, step_id: str, delta: int) -> None:
         ids = [step.id for step in self.steps]
         try:
-            index = ids.index(self.current_step.id)
+            index = ids.index(step_id)
         except ValueError:
             return
         target = max(0, min(len(ids) - 1, index + delta))
+        if target == index:
+            return
         self.tree.selection_set(ids[target])
         self.tree.see(ids[target])
 

copienator_gui/diagnostics.py

@@ -7,7 +7,7 @@ import sys
 from dataclasses import dataclass
 from pathlib import Path
 
-from platform_utils import windows_filename_problems
+from copienator.platform import windows_filename_problems
 
 
 @dataclass(frozen=True)
@@ -111,7 +111,7 @@ def collect_diagnostics(
             )
         )
         try:
-            from config import CURRENT_SCORE_ODS_PATH, FINAL_SCORE_ODS_PATH
+            from copienator.configuration import CURRENT_SCORE_ODS_PATH, FINAL_SCORE_ODS_PATH
 
             for label, configured_path in (
                 ("ODS courant", CURRENT_SCORE_ODS_PATH),

copienator_gui/workflow.py

@@ -46,6 +46,9 @@ class StepDefinition:
     personal: bool = False
     requires: tuple[str, ...] = ()
     artifacts: tuple[str, ...] = ()
+    auto_start_first_visit: bool = False
+    skip_for_live_correction: bool = False
+    skip_without_manual_conflicts: bool = False
 
     @property
     def is_manual(self) -> bool:
@@ -87,8 +90,8 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Analyser l’énoncé",
             "Détecte les questions, leurs groupes, le corrigé et les indications de barème.",
             (
-                python("gemini", "Analyse avec Gemini", "gemini_for_enonce.py"),
+                python("gemini", "Analyse avec Gemini", "statement"),
-                python("personal", "Alternative enonce_info.py", "enonce_info.py"),
+                python("personal", "Alternative personnelle", "statement-personal"),
             ),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
@@ -106,7 +109,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
         StepDefinition(
             "review_persp",
             "Prétraitement de l’énoncé",
-            "Relire les barèmes dans Persp",
+            "Relire les barèmes",
             "Étape manuelle facultative : vérifier et modifier les instructions de correction.",
             (manual("review"),),
             optional=True,
@@ -121,7 +124,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
                 CommandVariant(
                     "rotate",
                     "Rotation",
-                    "copies_tools.py",
+                    "copies",
                     "python",
                     ("rotate",),
                     fixed_args_before_positionals=True,
@@ -139,7 +142,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
                 CommandVariant(
                     "rename",
                     "Renommage",
-                    "copies_tools.py",
+                    "copies",
                     "python",
                     ("rename",),
                     fixed_args_before_positionals=True,
@@ -152,7 +155,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Prétraitement des copies",
             "Séparer et réordonner les pages",
             "Ouvre l’outil interactif de découpage A3 vers A4. La cible peut être un dossier ou un PDF.",
-            (python("default", "Séparation des pages", "page_splitter.py"),),
+            (python("default", "Séparation des pages", "page-split"),),
             arguments=(arg_target(),),
             artifacts=("Copies", "Copies Originales"),
         ),
@@ -161,7 +164,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Prétraitement des copies",
             "Découper la marge des labels",
             "Produit les images de la partie gauche des copies. Une copie précise peut être ciblée.",
-            (python("default", "Découpe", "cutleft.py"),),
+            (python("default", "Découpe", "crop-labels"),),
             arguments=(
                 arg_target(),
                 ArgumentSpec("fullpage", "Toujours utiliser la page entière", "bool", "--fullpage"),
@@ -174,7 +177,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Labels et regroupement",
             "Détecter les labels avec Gemini",
             "Identifie les labels dans les images produites par la découpe gauche.",
-            (python("default", "Détection des labels", "gemini_for_labels.py"),),
+            (python("default", "Détection des labels", "labels"),),
             arguments=(
                 arg_target(),
                 ArgumentSpec("overwrite", "Régénérer les résultats", "bool", "--overwrite"),
@@ -187,7 +190,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Labels et regroupement",
             "Vérifier visuellement les labels",
             "Ouvre la fenêtre de vérification. La cible peut être toute l’évaluation ou une copie.",
-            (python("default", "Vérification", "plotting.py"),),
+            (python("default", "Vérification", "review-labels"),),
             arguments=(arg_target(),),
             requires=("labels", "Cutleft"),
             artifacts=("Copies/Copie*.json",),
@@ -197,27 +200,29 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Labels et regroupement",
             "Découper les réponses par question",
             "Découpe les copies à partir des coordonnées de labels vérifiées.",
-            (python("default", "Découpage", "splitting_int.py"),),
+            (python("default", "Découpage", "split-answers"),),
             arguments=(arg_target(),),
             requires=("Copies",),
             artifacts=("Copies/Copie*/*",),
+            auto_start_first_visit=True,
         ),
         StepDefinition(
             "grouping",
             "Labels et regroupement",
             "Regrouper les réponses",
             "Regroupe les réponses portant le même label pour préparer les requêtes.",
-            (python("default", "Regroupement", "grouping.py"),),
+            (python("default", "Regroupement", "group-answers"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             requires=("Copies",),
             artifacts=("Par label",),
+            auto_start_first_visit=True,
         ),
         StepDefinition(
             "verify_groups",
             "Labels et regroupement",
             "Vérifier les groupes produits",
             "Vérifie que chaque réponse PDF apparaît dans les métadonnées des groupes.",
-            (python("default", "Vérification des groupes", "verify_groups.py"),),
+            (python("default", "Vérification des groupes", "verify-groups"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             optional=True,
             requires=("Copies", "Par label"),
@@ -228,17 +233,17 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Lancer ou intégrer la correction",
             "Choisir une correction immédiate, batch, hybride, une recorrection, ou l’intégration d’un batch.",
             (
-                python("live", "Correction immédiate", "correction.py"),
+                python("live", "Correction immédiate", "correct"),
-                python("batch", "Préparer toutes les requêtes batch", "correction.py", fixed_args=("--batch",)),
+                python("batch", "Préparer toutes les requêtes batch", "correct", fixed_args=("--batch",)),
-                python("hybrid", "Batch à partir d’un label", "correction.py"),
+                python("hybrid", "Batch à partir d’un label", "correct"),
-                python("refaire", "Recorrection depuis refaire.json", "correction.py", fixed_args=("--refaire",)),
+                python("refaire", "Recorrection depuis refaire.json", "correct", fixed_args=("--refaire",)),
                 python(
                     "integrate",
                     "Intégrer les résultats batch",
-                    "correction.py",
+                    "correct",
                     fixed_args=("--deal-with-batched",),
                 ),
-                python("reset", "Réinitialiser les corrections", "correction.py", fixed_args=("--reset",), dangerous=True),
+                python("reset", "Réinitialiser les corrections", "correct", fixed_args=("--reset",), dangerous=True),
             ),
             arguments=(
                 arg_target("Évaluation ou image Group_X.jpg"),
@@ -254,35 +259,38 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Correction",
             "Envoyer les batchs",
             "Envoie à Gemini les fichiers JSONL produits par le mode batch.",
-            (python("default", "Envoi", "submit_batches.py"),),
+            (python("default", "Envoi", "batch-submit"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             optional=True,
             artifacts=("batch_jobs.json",),
+            skip_for_live_correction=True,
         ),
         StepDefinition(
             "batch_status",
             "Correction",
             "Consulter l’état des batchs",
             "Affiche les jobs Gemini en cours. L’identifiant de téléchargement est facultatif.",
-            (python("default", "État des batchs", "batch_status.py"),),
+            (python("default", "État des batchs", "batch-status"),),
             arguments=(ArgumentSpec("download", "Télécharger le job", "text", "--download"),),
             optional=True,
+            skip_for_live_correction=True,
         ),
         StepDefinition(
             "fetch_batches",
             "Correction",
             "Récupérer les résultats batch",
             "Télécharge et rassemble les réponses des jobs terminés.",
-            (python("default", "Récupération", "fetch_batched_results.py"),),
+            (python("default", "Récupération", "batch-fetch"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             optional=True,
+            skip_for_live_correction=True,
         ),
         StepDefinition(
             "post_correction",
             "Correction",
             "Nettoyer la correction",
             "Corrige certains problèmes d’encodage et prépare le texte pour LaTeX.",
-            (python("default", "Post-correction", "post-correction.py"),),
+            (python("default", "Post-correction", "post-correction"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             requires=("correction.json",),
         ),
@@ -291,10 +299,11 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Correction",
             "Résoudre les conflits manuels",
             "Étape conditionnelle, uniquement si manual_resolutions.txt contient des conflits à traiter.",
-            (python("default", "Résolution", "resolve_manual.py"),),
+            (python("default", "Résolution", "resolve-manual"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             optional=True,
             requires=("manual_resolutions.txt", "correction.json"),
+            skip_without_manual_conflicts=True,
         ),
         StepDefinition(
             "annotation",
@@ -302,9 +311,9 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Générer les copies annotées",
             "Les trois modes sont exclusifs pour un parcours donné.",
             (
-                python("simple", "Annotations simples (Anot)", "annotating.py"),
+                python("simple", "Annotations simples (Anot)", "annotate-simple"),
-                python("checks", "Annotations avec cases (Bnot)", "annotating_with_checks.py"),
+                python("checks", "Annotations avec cases (Bnot)", "annotate-checks"),
-                python("grouped", "Annotations groupées (BGnot)", "annotating_by_label.py"),
+                python("grouped", "Annotations groupées (BGnot)", "annotate-grouped"),
             ),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
@@ -317,11 +326,19 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
         StepDefinition(
             "export",
             "Génération des annotations",
-            "Exporter vers la tablette",
+            "Exporter",
-            "Exporte les groupes vers le dossier EXPORT_DIR défini dans config.py.",
+            "Exporte les annotations vers le dossier EXPORT_DIR défini dans config.py.",
-            (python("default", "Export", "export.py"),),
+            (python("default", "Export", "export"),),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
+                ArgumentSpec(
+                    "annotation_dir",
+                    "Dossier d’annotations",
+                    "choice",
+                    default="BGnot",
+                    choices=("BGnot", "Bnot", "Anot"),
+                    positional=True,
+                ),
                 ArgumentSpec("refaire", "Mode refaire", "bool", "--refaire"),
             ),
             optional=True,
@@ -338,9 +355,17 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Correction manuscrite",
             "Importer les annotations manuscrites",
             "Copie les PDF présents dans IMPORT_DIR vers l’évaluation.",
-            (python("default", "Import", "import.py"),),
+            (python("default", "Import", "import"),),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
+                ArgumentSpec(
+                    "annotation_dir",
+                    "Dossier d’annotations",
+                    "choice",
+                    default="BGnot",
+                    choices=("BGnot", "Bnot", "Anot"),
+                    positional=True,
+                ),
                 ArgumentSpec("refaire", "Mode refaire", "bool", "--refaire"),
             ),
         ),
@@ -350,8 +375,8 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Lire les annotations manuscrites",
             "Le mode doit correspondre au mode choisi lors de la génération des annotations.",
             (
-                python("standard", "Lecture Bnot", "reading_annotations.py"),
+                python("standard", "Lecture Bnot", "read-annotations"),
-                python("grouped", "Lecture BGnot", "reading_grouped_annotations.py"),
+                python("grouped", "Lecture BGnot", "read-grouped"),
             ),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
@@ -364,7 +389,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Finalisation",
             "Attribuer les noms et préparer A Rendre",
             "Crée le dossier A Rendre à partir du dossier d’annotations choisi.",
-            (python("default", "Attribution des noms", "giving_names.py"),),
+            (python("default", "Attribution des noms", "giving-names"),),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
                 ArgumentSpec(
@@ -399,7 +424,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Étapes personnelles",
             "Mettre à jour le fichier ODS",
             "Transfère les scores, avec la possibilité de n’écrire que leur somme.",
-            (python("default", "Mise à jour ODS", "update_ods.py"),),
+            (python("default", "Mise à jour ODS", "update-ods"),),
             arguments=(
                 arg_target("Dossier de l’évaluation"),
                 ArgumentSpec("sum", "Écrire seulement la somme", "bool", "--sum"),
@@ -427,7 +452,7 @@ def build_workflow(show_personal_steps: bool) -> list[StepDefinition]:
             "Étapes personnelles",
             "Ajouter le score final",
             "Génère les fichiers de diffusion avec le score final.",
-            (python("default", "Score final", "add_final_score.py"),),
+            (python("default", "Score final", "add-final-score"),),
             arguments=(arg_target("Dossier de l’évaluation"),),
             personal=True,
         ),
@@ -469,7 +494,7 @@ def build_command(
 
     program_path = repository / variant.program
     if variant.kind == "python":
-        command = [sys.executable, "-u", str(program_path)]
+        command = [sys.executable, "-u", "-m", "copienator", variant.program]
     elif variant.kind == "shell":
         command = [str(program_path)]
     else:

import.py

@@ -1,65 +0,0 @@
-import argparse
-import shutil
-import sys
-from collections.abc import Sequence
-from pathlib import Path
-
-from config import IMPORT_DIR
-from copienator import (
-    EvaluationWorkspace,
-    ExitCode,
-    evaluation_parser,
-    execute,
-    workspace_from_args,
-)
-
-
-def sync_annotated(
-    workspace: EvaluationWorkspace,
-    *,
-    refaire: bool = False,
-    import_dir: Path,
-) -> ExitCode:
-    annotation_name = "BRnot" if refaire else "BGnot"
-    workspace.require_directories(annotation_name)
-    annotation_dir = workspace.root / annotation_name
-    annotated_dir = Path(import_dir).expanduser()
-    if not annotated_dir.is_dir():
-        print(f"Error: directory does not exist: {annotated_dir}", file=sys.stderr)
-        return ExitCode.INVALID_WORKSPACE
-
-    missing_targets = 0
-    for pdf_file in annotated_dir.glob("*.pdf"):
-        target_subdir = annotation_dir / pdf_file.stem
-
-        if not target_subdir.is_dir():
-            print(f"Warning: directory not found: {target_subdir}", file=sys.stderr)
-            missing_targets += 1
-        else:
-            dest_file = target_subdir / "Concat_annotated.pdf"
-            print(f"Copying {pdf_file} to {dest_file}")
-            shutil.copy2(pdf_file, dest_file)
-    return ExitCode.PARTIAL if missing_targets else ExitCode.SUCCESS
-
-
-def build_parser() -> argparse.ArgumentParser:
-    parser = evaluation_parser("Import handwritten annotations from the tablet directory.")
-    parser.add_argument("--refaire", action="store_true", help="Process only copies/labels defined in refaire.json")
-    return parser
-
-
-def run(workspace: EvaluationWorkspace, *, refaire: bool = False) -> ExitCode:
-    return sync_annotated(workspace, refaire=refaire, import_dir=Path(IMPORT_DIR))
-
-
-def main(argv: Sequence[str] | None = None) -> int:
-    parser = build_parser()
-    return execute(
-        parser,
-        argv,
-        lambda args: run(workspace_from_args(args), refaire=args.refaire),
-    )
-
-
-if __name__ == "__main__":
-    raise SystemExit(main())

pyproject.toml

@@ -0,0 +1,22 @@
+[build-system]
+requires = ["setuptools>=68"]
+build-backend = "setuptools.build_meta"
+
+[project]
+name = "copienator"
+version = "0.1.0"
+description = "Workflow assistant for preparing and correcting scanned exams"
+requires-python = ">=3.11"
+
+[project.scripts]
+copienator = "copienator.dispatcher:main"
+copienator-gui = "copienator_gui.__main__:main"
+
+[tool.setuptools]
+py-modules = ["default_config"]
+
+[tool.setuptools.packages.find]
+include = ["copienator*", "copienator_gui*"]
+
+[tool.setuptools.package-data]
+copienator = ["data/*.txt"]

tests/test_gui_core.py

@@ -1,6 +1,6 @@
 from __future__ import annotations
 
-import importlib.util
+import importlib
 import io
 import json
 import os
@@ -31,13 +31,23 @@ from copienator import (
 from copienator.annotation_actions import apply_checkbox_actions, apply_score_overrides
 from copienator.annotation_data import AnnotationLoadResult, load_annotation_data
 from copienator.filesystem import staged_directory, staged_files
-from copienator_gui.app import process_status
+from copienator.dispatcher import COMMANDS, main as dispatcher_main
+from copienator_gui.app import (
+    CopienatorApp,
+    DEFAULT_HTTPS_PROXY,
+    build_runner_environment,
+    copy_pdf_paths,
+    detected_annotation_directories,
+    has_manual_conflicts,
+    plotting_shortcut_lines,
+    process_status,
+)
 from copienator_gui.diagnostics import collect_diagnostics
 from copienator_gui.runner import ProcessRunner
 from copienator_gui.state import StateStore
 from copienator_gui.workflow import build_command, build_workflow, evaluation_argument
-from copies_tools import rename_all, rotate_all
+from copienator.commands.copies_tools import rename_all, rotate_all
-from platform_utils import (
+from copienator.platform import (
     WindowsLabelError,
     replace_with_link_or_copy,
     safe_filename,
@@ -48,18 +58,16 @@ from platform_utils import (
 REPOSITORY = Path(__file__).resolve().parents[1]
 
 
-def load_script_module(filename: str, module_name: str):
+def load_script_module(filename: str, _module_name: str):
-    spec = importlib.util.spec_from_file_location(module_name, REPOSITORY / filename)
+    stem = Path(filename).stem.replace("-", "_")
-    if spec is None or spec.loader is None:
+    if stem == "import":
-        raise RuntimeError(f"Could not load {filename}")
+        stem = "import_annotations"
-    module = importlib.util.module_from_spec(spec)
+    return importlib.import_module(f"copienator.commands.{stem}")
-    sys.modules[module_name] = module
+
-    try:
+
-        spec.loader.exec_module(module)
+def command_arguments(command: list[str]) -> list[str]:
-    except Exception:
+    assert command[2:4] == ["-m", "copienator"]
-        sys.modules.pop(module_name, None)
+    return command[5:]
-        raise
-    return module
 
 
 class WorkspaceTests(unittest.TestCase):
@@ -71,6 +79,10 @@ class WorkspaceTests(unittest.TestCase):
 
             self.assertFalse(workspace.metadata_dir.exists())
             self.assertEqual(workspace.labels_file, root / "labels")
+            self.assertEqual(workspace.label_groups_file, root / "label_groups")
+            self.assertEqual(
+                workspace.gemini_exam_items_file, root / "Tmp" / "exam_items.txt"
+            )
             self.assertEqual(workspace.copies_dir, root / "Copies")
             self.assertEqual(workspace.annotation_dir("grouped"), root / "BGnot")
             self.assertEqual(workspace.state_database, root / ".copienator" / "state.sqlite3")
@@ -116,6 +128,24 @@ class WorkspaceTests(unittest.TestCase):
             self.assertEqual(workspace.names_file(), root / "names")
 
 
+class DispatcherTests(unittest.TestCase):
+    def test_unknown_command_has_argument_error_code(self) -> None:
+        with redirect_stderr(io.StringIO()):
+            self.assertEqual(dispatcher_main(["does-not-exist"]), 2)
+
+    def test_every_gui_python_command_is_registered(self) -> None:
+        for step in build_workflow(True):
+            for variant in step.variants:
+                if variant.kind == "python":
+                    with self.subTest(step=step.id, command=variant.program):
+                        self.assertIn(variant.program, COMMANDS)
+
+    def test_root_contains_only_configuration_python_modules(self) -> None:
+        root_modules = {path.name for path in REPOSITORY.glob("*.py")}
+        self.assertIn("default_config.py", root_modules)
+        self.assertLessEqual(root_modules, {"config.py", "default_config.py"})
+
+
 class AtomicJsonTests(unittest.TestCase):
     def test_atomic_binary_round_trip(self) -> None:
         with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
@@ -169,6 +199,17 @@ class AtomicJsonTests(unittest.TestCase):
             persisted = read_json(root / ".copienator-gui.json")
             self.assertEqual(persisted["steps"]["labels"]["status"], "success")
 
+    def test_invalidation_preserves_first_visit_marker(self) -> None:
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            store = StateStore()
+            store.load(Path(directory))
+            store.update_step("splitting", status="success", visited=True)
+
+            store.invalidate_after(["plotting", "splitting"], "plotting")
+
+            self.assertEqual(store.step("splitting")["status"], "stale")
+            self.assertTrue(store.step("splitting")["visited"])
+
 
 class AnnotationDataTests(unittest.TestCase):
     def test_loader_indexes_coordinates_without_mutating_correction(self) -> None:
@@ -435,8 +476,16 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
                 "personal",
                 {"target": evaluation},
             ),
-            "export": ("export", "default", {"target": evaluation, "refaire": True}),
+            "export": (
-            "import": ("import", "default", {"target": evaluation, "refaire": True}),
+                "export",
+                "default",
+                {"target": evaluation, "annotation_dir": "Bnot", "refaire": True},
+            ),
+            "import": (
+                "import",
+                "default",
+                {"target": evaluation, "annotation_dir": "Anot", "refaire": True},
+            ),
             "giving_names": (
                 "giving_names",
                 "default",
@@ -529,7 +578,9 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
             variant = next(item for item in step.variants if item.id == variant_id)
             command = build_command(REPOSITORY, step, variant, values, evaluation)
             with self.subTest(script=module_name):
-                parsed = self.modules[module_name].build_parser().parse_args(command[3:])
+                parsed = self.modules[module_name].build_parser().parse_args(
+                    command_arguments(command)
+                )
                 parsed_path = getattr(parsed, "evaluation", None) or parsed.target
                 self.assertEqual(str(parsed_path), evaluation)
 
@@ -545,7 +596,7 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
             )
             with self.subTest(script=f"copies_tools:{step_id}"):
                 parsed = self.modules["copies_tools"].build_parser().parse_args(
-                    command[3:]
+                    command_arguments(command)
                 )
                 self.assertEqual(parsed.operation, step_id)
                 self.assertEqual(str(parsed.evaluation), evaluation)
@@ -578,6 +629,23 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
             exported = base / "Export" / "Exam" / "Ex 1.pdf"
             self.assertEqual(exported.read_bytes(), b"annotated")
 
+    def test_export_accepts_each_annotation_directory(self) -> None:
+        module = self.modules["export"]
+        for annotation_dir in ("Anot", "Bnot"):
+            with self.subTest(annotation_dir=annotation_dir), tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+                base = Path(directory)
+                evaluation = base / "Exam"
+                source = evaluation / annotation_dir / "Copie01"
+                source.mkdir(parents=True)
+                suffix = ".jpg" if annotation_dir == "Anot" else ".pdf"
+                (source / f"Concat{suffix}").write_bytes(annotation_dir.encode())
+                with patch.object(module, "EXPORT_DIR", base / "Export"):
+                    self.assertEqual(module.main([str(evaluation), annotation_dir]), 0)
+                self.assertEqual(
+                    (base / "Export" / "Exam" / f"Copie01{suffix}").read_bytes(),
+                    annotation_dir.encode(),
+                )
+
     def test_import_main_copies_handwritten_annotations(self) -> None:
         module = self.modules["import"]
         with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
@@ -594,6 +662,24 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
                 (target / "Concat_annotated.pdf").read_bytes(), b"handwritten"
             )
 
+    def test_import_accepts_each_annotation_directory(self) -> None:
+        module = self.modules["import"]
+        for annotation_dir in ("Anot", "Bnot"):
+            with self.subTest(annotation_dir=annotation_dir), tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+                base = Path(directory)
+                evaluation = base / "Exam"
+                target = evaluation / annotation_dir / "Copie01"
+                target.mkdir(parents=True)
+                import_dir = base / "Import"
+                import_dir.mkdir()
+                suffix = ".jpg" if annotation_dir == "Anot" else ".pdf"
+                (import_dir / f"Copie01{suffix}").write_bytes(b"handwritten")
+                with patch.object(module, "IMPORT_DIR", import_dir):
+                    self.assertEqual(module.main([str(evaluation), annotation_dir]), 0)
+                self.assertEqual(
+                    (target / f"Concat_annotated{suffix}").read_bytes(), b"handwritten"
+                )
+
     def test_giving_names_main_builds_return_directory(self) -> None:
         module = self.modules["giving_names"]
         with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
@@ -1337,6 +1423,65 @@ class StandardCliTests(unittest.TestCase):
                 (previous / "sentinel.txt").read_text(encoding="utf-8"), "old"
             )
 
+    def test_grouped_annotations_default_to_gemini_question_groups(self) -> None:
+        module = self.modules["annotating_by_label"]
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            evaluation = Path(directory) / "Exam"
+            items = evaluation / "Tmp" / "exam_items.txt"
+            items.parent.mkdir(parents=True)
+            items.write_text(
+                "# edited Gemini groups\n"
+                "Ex 1 ### First question\n"
+                "CONTEXT ### Shared context\n"
+                "Ex 2 ### Second question\n"
+                "\n---\n\n"
+                "Ex 3 ### Third question\n",
+                encoding="utf-8",
+            )
+            workspace = EvaluationWorkspace(evaluation)
+
+            with patch.object(module.utils, "edit_file_and_enter") as editor:
+                groups = module._load_label_groups(
+                    workspace, ["Ex 1", "Ex 2", "Ex 3"]
+                )
+
+            self.assertEqual(groups, [["Ex 1", "Ex 2"], ["Ex 3"]])
+            self.assertEqual(
+                workspace.label_groups_file.read_text(encoding="utf-8"),
+                "Ex 1,Ex 2\nEx 3\n",
+            )
+            editor.assert_called_once_with(workspace.label_groups_file)
+
+    def test_grouped_annotations_fall_back_when_gemini_was_not_run(self) -> None:
+        module = self.modules["annotating_by_label"]
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            workspace = EvaluationWorkspace(Path(directory) / "Exam")
+            workspace.root.mkdir()
+            labels = ["Ex 1 : a", "Ex 1 : b", "Ex 2"]
+
+            with patch.object(module.utils, "edit_file_and_enter"):
+                groups = module._load_label_groups(workspace, labels)
+
+            self.assertEqual(groups, [["Ex 1 : a", "Ex 1 : b"], ["Ex 2"]])
+
+    def test_existing_label_groups_override_gemini_defaults(self) -> None:
+        module = self.modules["annotating_by_label"]
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            workspace = EvaluationWorkspace(Path(directory) / "Exam")
+            workspace.gemini_exam_items_file.parent.mkdir(parents=True)
+            workspace.gemini_exam_items_file.write_text(
+                "Ex 1 ### First\nEx 2 ### Second\n", encoding="utf-8"
+            )
+            workspace.label_groups_file.write_text(
+                "Ex 1\nEx 2\n", encoding="utf-8"
+            )
+
+            with patch.object(module.utils, "edit_file_and_enter") as editor:
+                groups = module._load_label_groups(workspace, ["Ex 1", "Ex 2"])
+
+            self.assertEqual(groups, [["Ex 1"], ["Ex 2"]])
+            editor.assert_not_called()
+
     def test_grouped_batching_does_not_split_one_student(self) -> None:
         module = self.modules["annotating_by_label"]
         image = Image.new("RGB", (10, 60), "white")
@@ -1366,33 +1511,146 @@ class WorkflowTests(unittest.TestCase):
         self.assertNotIn("update_ods", standard_ids)
         self.assertIn("update_ods", personal_ids)
 
+    def test_first_visit_automation_is_declared_on_expected_steps(self) -> None:
+        auto_start = {
+            step.id for step in self.steps.values() if step.auto_start_first_visit
+        }
+        skip_for_live = {
+            step.id for step in self.steps.values() if step.skip_for_live_correction
+        }
+        skip_without_conflicts = {
+            step.id
+            for step in self.steps.values()
+            if step.skip_without_manual_conflicts
+        }
+
+        self.assertEqual(auto_start, {"splitting", "grouping"})
+        self.assertEqual(
+            skip_for_live, {"submit_batches", "batch_status", "fetch_batches"}
+        )
+        self.assertEqual(skip_without_conflicts, {"manual_resolution"})
+
+    def test_review_persp_has_shorter_title(self) -> None:
+        self.assertEqual(self.steps["review_persp"].title, "Relire les barèmes")
+
+    def test_export_has_shorter_title_and_annotation_argument(self) -> None:
+        self.assertEqual(self.steps["export"].title, "Exporter")
+        command = self.command(
+            "export",
+            "default",
+            {"target": self.evaluation, "annotation_dir": "Bnot"},
+        )
+        self.assertEqual(command_arguments(command), [self.evaluation, "Bnot"])
+
+    def test_copy_listing_prefers_processed_copies(self) -> None:
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            evaluation = Path(directory)
+            (evaluation / "enonce.pdf").touch()
+            (evaluation / "scan.pdf").touch()
+            copies = evaluation / "Copies"
+            copies.mkdir()
+            (copies / "Copie02.pdf").touch()
+            (copies / "Copie01.pdf").touch()
+
+            self.assertEqual(
+                [path.name for path in copy_pdf_paths(evaluation)],
+                ["Copie01.pdf", "Copie02.pdf"],
+            )
+
+    def test_annotation_directory_detection_uses_known_directories(self) -> None:
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            evaluation = Path(directory)
+            (evaluation / "Bnot").mkdir()
+            (evaluation / "Anot").mkdir()
+            (evaluation / "Other").mkdir()
+            self.assertEqual(
+                detected_annotation_directories(evaluation), ("Bnot", "Anot")
+            )
+
+    def test_export_and_import_defaults_follow_previous_runs(self) -> None:
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            evaluation = Path(directory)
+            (evaluation / "Bnot").mkdir()
+            (evaluation / "Anot").mkdir()
+            store = StateStore()
+            store.load(evaluation)
+            store.update_step("annotation", last_run_variant="simple")
+            app = SimpleNamespace(evaluation=evaluation, state_store=store)
+
+            choices, default = CopienatorApp._annotation_directory_choices(
+                app, "export"
+            )
+            self.assertEqual(choices, ("Bnot", "Anot"))
+            self.assertEqual(default, "Anot")
+
+            store.update_step(
+                "export", last_run_values={"annotation_dir": "Bnot"}
+            )
+            _choices, default = CopienatorApp._annotation_directory_choices(
+                app, "import"
+            )
+            self.assertEqual(default, "Bnot")
+
+    def test_plotting_shortcuts_describe_open_actions(self) -> None:
+        rendered = "\n".join(plotting_shortcut_lines())
+        self.assertIn("ouvrir l’énoncé", rendered)
+        self.assertIn("ouvrir la copie traitée", rendered)
+        self.assertIn("ouvrir la copie originale", rendered)
+
+    def test_proxy_is_opt_in_and_prefilled(self) -> None:
+        base = {"HTTPS_PROXY": "http://system-proxy", "OTHER": "kept"}
+        without_proxy = build_runner_environment(
+            base, " secret ", DEFAULT_HTTPS_PROXY, False
+        )
+        with_proxy = build_runner_environment(base, "", DEFAULT_HTTPS_PROXY, True)
+
+        self.assertNotIn("HTTPS_PROXY", without_proxy)
+        self.assertEqual(without_proxy["GEMINI_API_KEY"], "secret")
+        self.assertEqual(without_proxy["OTHER"], "kept")
+        self.assertEqual(with_proxy["HTTPS_PROXY"], DEFAULT_HTTPS_PROXY)
+
+    def test_manual_conflicts_ignore_blank_and_comment_lines(self) -> None:
+        with tempfile.TemporaryDirectory() as directory:
+            path = Path(directory) / "manual_resolutions.txt"
+            self.assertFalse(has_manual_conflicts(path))
+            path.write_text("\n### Instructions\n  ### exemple\n", encoding="utf-8")
+            self.assertFalse(has_manual_conflicts(path))
+            path.write_text(
+                "### Instructions\nCopie01 Ex 1 -> Ex 2\n", encoding="utf-8"
+            )
+            self.assertTrue(has_manual_conflicts(path))
+
     def test_live_correction_arguments(self) -> None:
         command = self.command(
             "correction",
             "live",
             {"target": self.evaluation, "overwrite": True, "limit": "0"},
         )
-        self.assertEqual(command[3:], [self.evaluation, "--overwrite", "--limit", "0"])
+        self.assertEqual(
-        self.assertIn("correction.py", command[2])
+            command_arguments(command),
+            [self.evaluation, "--overwrite", "--limit", "0"],
+        )
+        self.assertEqual(command[4], "correct")
 
     def test_hybrid_correction_arguments(self) -> None:
         command = self.command(
             "correction", "hybrid", {"target": self.evaluation, "batch_from": "Ex 4"}
         )
-        self.assertEqual(command[3:], [self.evaluation, "--batch-from", "Ex 4"])
+        self.assertEqual(
+            command_arguments(command), [self.evaluation, "--batch-from", "Ex 4"]
+        )
 
     def test_annotation_variants_are_exclusive_commands(self) -> None:
         command = self.command(
             "annotation", "grouped", {"target": self.evaluation, "overwrite": True}
         )
-        self.assertIn("annotating_by_label.py", command[2])
+        self.assertEqual(command[4], "annotate-grouped")
-        self.assertNotIn("annotating.py", command[2])
 
     def test_copy_preparation_commands_are_python(self) -> None:
         rotate = self.command("rotate", "rotate", {"target": self.evaluation})
         rename = self.command("rename", "rename", {"target": self.evaluation})
-        self.assertEqual(rotate[2:], [str(REPOSITORY / "copies_tools.py"), "rotate", self.evaluation])
+        self.assertEqual(rotate[2:], ["-m", "copienator", "copies", "rotate", self.evaluation])
-        self.assertEqual(rename[2:], [str(REPOSITORY / "copies_tools.py"), "rename", self.evaluation])
+        self.assertEqual(rename[2:], ["-m", "copienator", "copies", "rename", self.evaluation])
 
 
 class CrossPlatformFileTests(unittest.TestCase):
@@ -1430,8 +1688,8 @@ class CrossPlatformFileTests(unittest.TestCase):
             source = root / "source.txt"
             destination = root / "destination.txt"
             source.write_text("content", encoding="utf-8")
-            with patch("platform_utils.os.link", side_effect=OSError), patch(
+            with patch("copienator.platform.os.link", side_effect=OSError), patch(
-                "platform_utils.os.symlink", side_effect=OSError
+                "copienator.platform.os.symlink", side_effect=OSError
             ):
                 method = replace_with_link_or_copy(source, destination)
             self.assertEqual(method, "copy")